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J-GLOBAL ID：201702212051156616   整理番号：17A0082668

アセチル化により誘導されたp53C末端ドメインの自由エネルギー地形の変化

Variation of free-energy landscape of the p53 C-terminal domain induced by acetylation: Enhanced conformational sampling

著者 (12件)： Iida Shinji (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan) ,  Mashimo Tadaaki (Technology Research Association for Next Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26 Aomi, Koto-Ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Mashimo Tadaaki (IMSBIO Co, Ltd, Owl Tower 6F, 4-21-1, Higashi-ikebukuro, Toshima-ku, Tokyo, 170-0013, Japan) ,  Kurosawa Takashi (Technology Research Association for Next Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26 Aomi, Koto-Ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Kurosawa Takashi (Hitachi Solutions East Japan, 21-1 Ekimaehoncho, Kawasaki-ku, Kanagawa, 210-0007, Japan) ,  Hojo Hironobu (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan) ,  Muta Hiroya (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan) ,  Goto Yuji (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan) ,  Fukunishi Yoshifumi (Technology Research Association for Next Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26 Aomi, Koto-Ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Fukunishi Yoshifumi (Molecular Profiling Research Center for Drug Discovery (molprof), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), 2-3-36, Aomi, Koto-ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Nakamura Haruki (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan) ,  Higo Junichi (Institute for Protein Research Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan. [e-mail])
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 37  号： 31  ページ： 2687-2700  発行年： 2016年12月05日 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 腫瘍抑制蛋白質p53のC末端ドメイン(CTD)は種々のパートナー蛋白質と結合した内因的無秩序領域であり,CTDのリジンはアセチル化/非アセチル化とヒスチジン中性化/非中性化される。非結合CTDのフレキシビリティのために,自由エネルギー地形(FEL)はその統計的性質を決定するための有用量である。本稿では,マルチカノニカル分子動力学と結合させたバーチャルシステムにより非結合状態におけるCTDの増強立体配座サンプリングを行い,リジンがアセチル化または非中性化およびヒスチジンが荷電または中性化することを示した。これらのフラグメント類を全原子モデルで表現し,明瞭な溶媒中に浸漬させた。アセチル化と電荷中性化はFELを大きく変化させ,ハブ性質を発揮させるのに有利である。アセチル化はシート/ループ立体配座よりコンパクトなアルファ螺旋構造をわずかに増強させた。電荷中性化はヘアピンを生成した。さらに,円偏光二色実験により計算結果を確認した。FELを調べることによりパートナー類に対するCTDの結合機構を提案した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *p53タンパク質 ,  *アミノ酸配列 ,  *自由エネルギー ,  *立体配座 ,  アセチル化 ,  無秩序系 ,  中性化 ,  電荷 ,  原子モデル ,  ヘリックス構造 ,  *計算機シミュレーション ,  C末端ドメイン ,  *エネルギー地形 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *計算機利用 ,  *利用 ,  アミノ酸 ,  窒素複素環化合物 ,  第一アミン ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸
準シソーラス用語： マルチカノニカル分子動力学

著者キーワード (5件)： free energy landscape ,  p53 C-terminal ,  intrinsically disordered ,  post-translation modification ,  multicanonical

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

物質索引 (2件)： ヒスチジン ,  リジン

タイトルに関連する用語 (3件)： アセチル化 ,  誘導 ,  エネルギー地形