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J-GLOBAL ID：201702235770040445   整理番号：17A1063789

ダイズプロテオームデータベースによる蛋白質の機能解析のためのゲルベースおよびゲルフリープロテオミクスデータの統合【Powered by NICT】

Integration of gel-based and gel-free proteomic data for functional analysis of proteins through Soybean Proteome Database

著者 (9件)： Komatsu Setsuko (Institute of Crop Science, National Agriculture and Food Research Organization, Tsukuba 305-8518, Japan) ,  Komatsu Setsuko (Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba, Tsukuba 305-8572, Japan) ,  Wang Xin (Institute of Crop Science, National Agriculture and Food Research Organization, Tsukuba 305-8518, Japan) ,  Wang Xin (Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba, Tsukuba 305-8572, Japan) ,  Yin Xiaojian (Institute of Crop Science, National Agriculture and Food Research Organization, Tsukuba 305-8518, Japan) ,  Yin Xiaojian (Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba, Tsukuba 305-8572, Japan) ,  Nanjo Yohei (Institute of Crop Science, National Agriculture and Food Research Organization, Tsukuba 305-8518, Japan) ,  Ohyanagi Hajime (King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Computational Bioscience Research Center (CBRC), Thuwal 23955-6900, Saudi Arabia) ,  Sakata Katsumi (Department of Life Science and Informatics, Maebashi Institute of Technology, Maebashi 371-0816, Japan)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 163  ページ： 52-66  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ダイズプロテオームデータベース(SPD)は,ゲル-基盤およびゲル-フリープロテオミクス技法で得られた大豆蛋白質に関するデータを保存する。データベースを構築し機能的分析のための蛋白質に関する情報を提供することであった。データの大部分はダイズ(Glycine max「エンレイ」)に焦点を当てた。ダイズの生育および収量は,湛水のような環境ストレスに強く影響される。データベースは二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離した大豆蛋白質に関するデータを用いて構築した,これはゲルに基づくプロテオミクス技術である。2015年以降,データベースは無標識質量分析に基づく定量的プロテオミクスによる得られたデータ,ゲルフリープロテオミクス技術を組み込むように拡張した。ゲルフリープロテオミクスデータのデータベースの一部について述べた。ゲルフリープロテオームデータベースは,63試料セットで同定された39,212蛋白質,冠水ストレスあるいは非ストレス条件下で栽培したダイズ植物の一時的かつ器官特異試料などを含んでいる。さらに,ミトコンドリア,核,小胞体で同定されたオルガネラ蛋白質に関するデータが格納されている。さらに,データベースは,ゲノミクス,トランスクリプトミクス,メタボロミクス,及びプロテオミクスのような複数のオミックスデータを統合した。SPDデータベースはhttp://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/でアクセス可能である。ダイズプロテオームデータベースはゲル-基盤およびゲル-フリープロテオミクスの両方法から得たデータを保存する。ゲルフリープロテオームデータベースは,63試料セットで同定された39,212蛋白質,冠水ストレス下で栽培したダイズの異なる器官または時間依存的に非ストレス条件などから構成されている。さらに,ミトコンドリア,核,小胞体で同定されたオルガネラ蛋白質はゲル-フリープロテオミクスデータベースに蓄積される。ゲルベースプロテオミクス技術を用いて同定された5490蛋白質を含む全部で44,704の蛋白質がSPDの中に保存される。ゲノム配列からのすべての予測蛋白質の約80%を占める,は重複蛋白質である。機能解析のためのデータベースに蓄積されたデータの実証された応用に基づき,これらのデータは,ダイズの生物学的機構の解析に有用であることが示唆された。さらに,情報通信技術の最近の進歩と相まって,このデータベースの有用性を生物学的機構の分析における増加するであろう。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *プロテオミクス ,  大豆タンパク質 ,  水没 ,  *タンパク質 ,  予測 ,  質量分析 ,  *データベース ,  *機能分析 ,  *ダイズ ,  時間依存性 ,  ミトコンドリア ,  *ゲル ,  小胞体 ,  トランスクリプトーム解析 ,  環境ストレス

著者キーワード (6件)： ダイズ ,  データベース ,  時間特異的蛋白質プロファイル ,  器官特異的蛋白質プロファイル ,  プロテオミクス ,  非生物的ストレス

分類 (4件)： 植物に対する影響  (EE04030Z) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  植物生理学一般  (EH02010Y) ,  生物物理的研究法  (EA03020V)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質 ,  機能解析 ,  ゲル ,  統合