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J-GLOBAL ID：201802233143909417   整理番号：18A0965752

小脳発生時の転写開始部位の比較的頻繁なスイッチング【JST・京大機械翻訳】

Relatively frequent switching of transcription start sites during cerebellar development

著者 (9件)： Zhang Peter (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Dimont Emmanuel (Department of Biostatistics, Harvard School of Public Health, Boston, USA) ,  Dimont Emmanuel (Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, USA) ,  Ha Thomas (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Swanson Douglas J. (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Hide Winston (Department of Biostatistics, Harvard School of Public Health, Boston, USA) ,  Hide Winston (Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, USA) ,  Hide Winston (Department of Neuroscience, Sheffield Institute of Translational Neuroscience, University of Sheffield, Sheffield, UK) ,  Goldowitz Dan (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 461  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】交互転写開始部位(TSS)使用は,哺乳類遺伝子発現の転写制御において重要な役割を果たす。代替TSSsにおける関心の高まりとゲノム多様化におけるそれらの役割は,組織特異的または時間特異的代替TSSsの異なる利用に関する多くの単一遺伝子研究を行っている。しかしながら,特に中枢神経系におけるゲノムレベルでの代替TSS使用の切り替え使用の探求は,ほとんど欠けている。【結果】本研究において,すべての転写産物の5′末端の革新的捕捉を用いて,次世代配列決定に続くFANTOM5コンソーシアム(http://fantom.gsc.riken.jp/5/)の一部として,発達中の小脳のための時間経過データのユニークなセットを調製した。同じ遺伝子から出現した複数のRNAアイソフォームに関する情報を提供する小脳発生時の各時点における全ての転写開始部位(TSSs)の使用を分析した。著者らは,遺伝子の異なるTSSの発現を系統的に比較し,時間的交差および非交差スイッチング事象を同定する数学的方法を開発した。小脳発達中の5433の遺伝子において48,489の新規TSSスイッチング事象を同定した。これは1511の遺伝子における9767の交差TSSスイッチング事象を含み,そこでは優勢なTSSは時間とともにシフトする。結論:得られた時間特異的遺伝子転写産物と蛋白質産物が重要な調節と機能的役割を果たすことができる小脳発生におけるTSS切り替えの比較的高い有病率を観察した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  捕獲 ,  多様化 ,  遺伝子発現 ,  選択的スプライシング ,  *スイッチング ,  *小脳 ,  遺伝子 ,  プロモーター領域 ,  タンパク質 ,  哺乳類
準シソーラス用語： *脳発生 ,  転写産物 ,  転写調節 ,  *転写開始部位 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 小脳 ,  発生生物学 ,  プロモーター ,  プロモータースイッチング ,  Heliscopecage ,  代替プロモーター ,  選択的スプライシング ,  転写開始部位

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (53件)：

• Nature; Quality assessment of the human genome sequence; J Schmutz; 429; 6990; 2004; 365-368; 10.1038/nature02390; CR1;
• Trends Genet; The functional consequences of alternative promoter use in mammalian genomes; RV Davuluri; 24; 4; 2008; 167-177; 10.1016/j.tig.2008.01.008; CR2;
• Nature; An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome; EP Consortium; 489; 7414; 2012; 57-74; 10.1038/nature11247; CR3;
• Proc Natl Acad Sci; Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of transcriptional starting point and identification of promoter usage; T Shiraki; 100; 26; 2003; 15776-15781; 10.1073/pnas.2136655100; CR4;
• Nature; A promoter-level mammalian expression atlas; TF Consortium; 507; 7493; 2014; 462-470; 10.1038/nature13182; CR5;

タイトルに関連する用語 (3件)： 脳発生 ,  転写開始部位 ,  スイッチング