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J-GLOBAL ID：201802236985818821   整理番号：18A1114754

発現量的形質遺伝子座の統合ゲノムワイド解析はゲノム関連研究の解釈を助ける【JST・京大機械翻訳】

Integrated genome-wide analysis of expression quantitative trait loci aids interpretation of genomic association studies

著者 (32件)： Joehanes Roby (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Joehanes Roby (Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Joehanes Roby (Institute for Aging Research, Hebrew SeniorLife, Harvard Medical School, Boston, USA) ,  Zhang Xiaoling (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Zhang Xiaoling (Department of Biostatistics, School of Public Health, Boston University, Boston, USA) ,  Zhang Xiaoling (Section of Biomedical Genetics, Department of Medicine, Boston University School of Medicine, Boston, USA) ,  Huan Tianxiao (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Yao Chen (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Ying Sai-xia (Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Nguyen Quang Tri (Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Demirkale Cumhur Yusuf (Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Feolo Michael L. (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Sharopova Nataliya R. (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Sturcke Anne (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Schaeffer Alejandro A. (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Heard-Costa Nancy (Department of Neurology, Boston University School of Medicine, Boston, USA) ,  Chen Han (School of Public Health, Harvard University, Boston, USA) ,  Chen Han (Department of Biostatistics, School of Public Health, Boston University, Boston, USA) ,  Liu Po-ching (DNA Sequencing and Genomics Core, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Wang Richard (DNA Sequencing and Genomics Core, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Woodhouse Kimberly A. (DNA Sequencing and Genomics Core, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Tanriverdi Kahraman (Department of Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worchester, USA) ,  Freedman Jane E. (Department of Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worchester, USA) ,  Raghavachari Nalini (National Institute on Aging, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Dupuis Josee (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Dupuis Josee (Department of Biostatistics, School of Public Health, Boston University, Boston, USA) ,  Johnson Andrew D. (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  O’Donnell Christopher J. (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  O’Donnell Christopher J. (Cardiology Section, Department of Medicine, Boston VA Healthcare, Boston, USA) ,  Levy Daniel (The Framingham Heart Study and the Division of Intramural Research, National Heart, Lung and Blood Institute, National Institutes of Health, Framingham, USA) ,  Munson Peter J. (Mathematical and Statistical Computing Laboratory, Center for Information Technology, National Institutes of Health, Bethesda, USA) ,  Munson Peter J. (National Institutes of Health, Bethesda, USA)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 16  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】発現量的形質遺伝子座(eQTL)として知られている遺伝子発現レベルに関連する一塩基多型(SNP)の同定は,ゲノムワイド関連研究(GWAS)における表現型関連SNPの機能的役割の理解を改善する可能性がある。いくつかの以前のeQTL研究の小さなサンプルサイズは,それらの統計的パワーを制限した。2倍以上の以前の研究の単一コホートサイズを超えて,5257個体のコホートにおける全血におけるマイクロアレイに基づく遺伝子とエキソン発現レベルのeQTL研究を行った。【結果】19,000以上の独立した鉛cis-eQTLおよび6000以上の独立した鉛トランス-eQTLを検出し,10000個以上の遺伝子標的(EGENES)を標的とし,偽発見率(FDR)<5%を得た。以前に発表された有意なGWAS SNPのうち,48%が著者らの研究において有意なeQTLであると同定されている。いくつかのtrans-eQTLは,SNPとGAWS関連表現型との関連に対する新規な機構的説明に向かっている。著者らはまた,トランス-eQTLの59の異なるブロックまたはクラスターを同定し,それぞれ6から229の異なるトランス-eGenのセットの発現を標的とした。標的遺伝子のこれらのセットの10は,マイクロRNA標的(FDR<5%)に対して有意に濃縮されている。これらのクラスターの多くは,複数の表現型を有するGWASに関連している。結論:これらの知見は,ヒトの生理学と病態生理に関与する分子調節パターンへの洞察を提供する。冠動脈疾患の最近のGWASメタ分析の文脈におけるeQTLデータベースの価値を示し,58GWAS遺伝子座の21に対する標的化EGENESのリストを提供した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病態生理 ,  遺伝子発現 ,  母集団 ,  表現型 ,  ヒト ,  ゲノムワイド関連解析 ,  生理学 ,  一塩基多型 ,  データベース ,  *ゲノム ,  メタ分析 ,  冠動脈疾患 ,  クラスタ ,  ターゲティング
準シソーラス用語： マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (62件)：

• Nat Genet; The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project; 45; 2013; 580-5; 10.1038/ng.2653; CR1;
• Nature; An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome; 489; 2012; 57-74; 10.1038/nature11247; CR2;
• Nucleic Acids Res; GRASP v2.0: an update on the Genome-Wide Repository of Associations between SNPs and phenotypes; JD Eicher, C Landowski, B Stackhouse, A Sloan, W Chen, N Jensen; 43; 2015; 799-804; 10.1093/nar/gku1202; CR3;
• PLoS Genet; Trans-eQTLs reveal that independent genetic variants associated with a complex phenotype converge on intermediate genes, with a major role for the HLA; RSN Fehrmann, RC Jansen, JH Veldink, HJ Westra, D Arends, MJ Bonder; 7; 2011; e1002197; 10.1371/journal.pgen.1002197; CR4;
• Nat Genet; Systematic identification of trans eQTLs as putative drivers of known disease associations; H-J Westra, MJ Peters, T Esko, H Yaghootkar, C Schurmann, J Kettunen; 45; 2013; 1238-43; 10.1038/ng.2756; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： 発現量的形質遺伝子座 ,  統合 ,  ゲノム ,  解析 ,  研究