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J-GLOBAL ID：201802241635633159   整理番号：18A1352010

既知の活性データからの蛋白質-化合物結合エネルギーの予測:ドッキングスコアに基づく方法とその応用【JST・京大機械翻訳】

Prediction of Protein-compound Binding Energies from Known Activity Data: Docking-score-based Method and its Applications

著者 (5件)： Fukunishi Yoshifumi (Molecular Profiling Research Center for Drug Discovery (molprof), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), 2-3-26, Aomi, Koto-ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Yamashita Yasunobu (Technology Research Association for Next-Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26, Aomi, Koto-ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Mashimo Tadaaki (Technology Research Association for Next-Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26, Aomi, Koto-ku, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Mashimo Tadaaki (IMSBIO Co., Ltd., Owl Tower, 4-21-1, Higashi-Ikebukuro, Toshima-ku, Tokyo, 170-0013, Japan) ,  Nakamura Haruki (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka, 565-0871, Japan)
資料名： Molecular Informatics  (Molecular Informatics)
巻： 37  号： 6-7  ページ： e1700120  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2686A  ISSN： 1868-1743  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造に基づく定量的構造活性相関(QSAR)モデルを開発するために,蛋白質-化合物ドッキングシミュレーションを用いた。予測モデルは記述子としてドッキングスコアを使用した。結合自由エネルギーは多重蛋白質に対するドッキングスコアの加重平均により近似された。この近似は受容体ポケットと化合物の薬理作用団モデルに基づいた。ドッキングスコアの重みは,正則化項によって非現実的な重みを避けるために小さな値に制限された。付加的異常値除去は結果を改善した。この方法を2グループのターゲットに適用した。最初の標的はキナーゼファミリーであった。107のキナーゼ蛋白質の交差検証結果は,予測結合自由エネルギーのRMSEが1.1kcal/molであることを示した。第2の標的は,ドッキングプログラムにとって困難なマトリックスメタロプロテイナーゼ(MMP)ファミリーであった。MMPは多くの場合,それらの阻害剤構造に金属結合基を必要とする。量子効果は金属-配位子相互作用に寄与する。この困難さにもかかわらず,本方法はMMPsに対して良く機能した。この方法は,予測結合自由エネルギーのRMSEが1.1kcal/molであることを示した。比較すると,元のドッキング法と比較してRMSEは1.7kcal/molであった。結果は,現在のQSARモデルが一般的な標的蛋白質に適用されるべきであることを示唆する。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *結合エネルギー ,  相互作用 ,  *予測 ,  *ドッキング ,  受容体 ,  *タンパク質 ,  定量的構造活性相関 ,  予測モデル ,  マトリックスメタロプロテイナーゼ ,  結合自由エネルギー ,  ドッキングシミュレーション ,  キナーゼ ,  モデル
準シソーラス用語： *スコア ,  阻害剤 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 自由エネルギーの結合 ,  ChemBL ,  ドッキングスコア ,  蛋白質-化合物ドッキング

分類 (2件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 活性 ,  蛋白質 ,  結合エネルギー ,  予測 ,  ドッキング ,  スコア ,  応用