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J-GLOBAL ID：201802245993062845   整理番号：18A0965957

全ゲノム再配列決定によるChenopodium quinoaにおける新規indelマーカーと遺伝的多様性の開発【JST・京大機械翻訳】

Development of novel InDel markers and genetic diversity in Chenopodium quinoa through whole-genome re-sequencing

著者 (9件)： Zhang Tifu (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Gu Minfeng (Xinyang Agricultural Experiment Station of Yancheng City, Yancheng, China) ,  Liu Yuhe (Department of Crop Sciences, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, USA) ,  Lv Yuanda (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Zhou Ling (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Lu Haiyan (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Liang Shuaiqiang (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Bao Huabin (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China) ,  Zhao Han (Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 685  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】キノア(Chenopodium quina Willd.)は,バランスのとれた栄養作物であるが,その育種改善は,その遺伝学とゲノミクスに関する情報の欠如によって制限されている。したがって,ゲノム変異,個体群構造,および遺伝的多様性に関する知識を得て,全ゲノム再配列決定によってキノアのための新しい挿入/放出(InDel)マーカーを開発することが必要である。【結果】著者らは,11のキノア系統を再配列し,約7×~23×のキノアゲノムの間の被覆深さを得た。参照登録Riobambaからの1453-メガガーゼ(Mb)集合に基づいて,8,441022の濾過双対立遺伝子一塩基多型(SNP)と842,783の濾過InDelsを同定し,推定SNPとInDel密度は,キロベース(kb)当たり5.81と0.58であった。ゲノムInDel変異から,85の二形InDelマーカーを新たに開発し,検証した。報告された62の単純配列反復(SSR)マーカーと共に,全部で147のマーカーを129キノア系統の遺伝子タイピングに用いた。分子分類分析は,2つの主要なグループ,アンデス高地(北部と南部高地サブグループから成る)とチリ沿岸に分類を示し,STRUCTURE,系統樹とPCA(主成分分析)分析を組み合わせた。遺伝的多様性の更なる分析はチリ海岸グループからアンデス高地グループへの減少傾向を示し,サブグループ間の遺伝子流動は2つのサブグループとチリ沿岸グループ間のそれより頻繁であった。変動の大部分(約70%)は,グループ間の多様性による分子変動(AMOVA)の分析により見出された。これは,グループ間の非常に有意なF_ST値(0.705)の観察と一致し,キノアのアンデス高地タイプとチリ沿岸タイプの間の有意な遺伝的分化を示した。さらに,全362対立遺伝子を捕捉する16キノア生殖質のコアセットを,シミュレーテッドアニーリング法を用いて選択した。結論:本研究で同定された多数のSNPとInDelsは,キノア・ゲノムがゲノム変化に富むことを示した。遺伝的集団構造,遺伝的コア生殖質および二形性InDelマーカーは,遺伝的分析およびキノア育種のための有用な資源である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 高地 ,  一塩基多型 ,  育種 ,  遺伝学 ,  農作物 ,  系統樹 ,  主成分分析 ,  *遺伝 ,  *ゲノム ,  チリ共和国 ,  対立遺伝子
準シソーラス用語： 生殖質 ,  遺伝子流動 ,  個体群構造 ,  *遺伝多様性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： キノア ,  SNP ,  INDEL ,  遺伝的多様性 ,  人口構造 ,  コア生殖質

分類 (2件)： 作物の品種  (FC02020V) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (61件)：

• Euphytica; Genetic relationship among 19 accessions of six species of Chenopodium L., by random amplified polymorphic DNA fragments (RAPD); PM Ruas, A Bonifacio, CF Ruas, DJ Fairbanks, WR Andersen; 105; 1; 1999; 25-32; 10.1023/A:1003480414735; CR1;
• J Cereal Sci; Agronomical and nutritional evaluation of quinoa seeds (Chenopodium quinoa Willd.) as an ingredient in bread formulations; R Stikic, D Glamoclija, M Demin, B Vucelic-Radovic, Z Jovanovic, D Milojkovic-Opsenica, S Jacobsen, M Milovanovic; 55; 2; 2012; 132-138; 10.1016/j.jcs.2011.10.010; CR2;
• Food Chem; Antioxidative properties and flavonoid composition of Chenopodium quinoa seeds cultivated in Japan; Y Hirose, T Fujita, T Ishii, N Ueno; 119; 4; 2010; 1300-1306; 10.1016/j.foodchem.2009.09.008; CR3;
• Environ Exp Bot; Salt-tolerant genes from halophytes are potential key players of salt tolerance in glycophytes; Y Himabindu, T Chakradhar, MC Reddy, A Kanygin, KE Redding, T Chandrasekhar; 124; 2016; 39-63; 10.1016/j.envexpbot.2015.11.010; CR4;
• Trends Plant Sci; Plant salt-tolerance mechanisms; U Deinlein, AB Stephan, T Horie, W Luo, G Xu, JI Schroeder; 19; 6; 2014; 371-379; 10.1016/j.tplants.2014.02.001; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： ゲノム再配列 ,  Chenopodium ,  マーカー ,  遺伝的多様性 ,  開発