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J-GLOBAL ID：201802248536982061   整理番号：18A0276237

Xenopus laevis(アフリカツメガエル)の相同転写因子間の遺伝子発現プロファイルの保守性と変動性【Powered by NICT】

Conservatism and variability of gene expression profiles among homeologous transcription factors in Xenopus laevis

著者 (11件)： Watanabe Minoru (Institute of Liberal Arts and Sciences, Tokushima University, 1-1 Minamijosanjima-cho, Tokushima 770-8502, Japan) ,  Yasuoka Yuuri (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, 1919-1 Tancha, Onna-son, Okinawa 904-0495, Japan) ,  Mawaribuchi Shuuji (Kitasato Institute for Life Sciences, Kitasato University, 5-9-1 Shirokane, Minato-ku, Tokyo 108-8641, Japan) ,  Kuretani Aya (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, 7-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan) ,  Ito Michihiko (Department of Biosciences, School of Science, Kitasato University, 1-15-1 Kitasato, Minamiku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Kondo Mariko (Misaki Marine Biological Station, Graduate School of Science, and Center for Marine Biology, The University of Tokyo, 1024 Koajiro, Misaki, Miura, Kanagawa 238-0225, Japan) ,  Ochi Haruki (Institute for Promotion of Medical Science Research, Faculty of Medicine, Yamagata University, 2-2-2 Iida-Nishi, Yamagata, Yamagata 990-9585, Japan) ,  Ogino Hajime (Department of Animal Bioscience, Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, 1266 Tamura, Nagahama, Shiga 526-0829, Japan) ,  Fukui Akimasa (Laboratory of Tissue & Polymer Sciences, Faculty of Advanced Life Science, Hokkaido University, N10W8, Kita-ku, Sapporo 060-0810, Japan) ,  Taira Masanori (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, 7-3-1 Hongo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan) ,  Kinoshita Tsutomu (Department of Life Science, Faculty of Science, Rikkyo University, 3-34-1 Nishi-Ikebukuro, Toshima-ku, Tokyo 171-8501, Japan)
資料名： Developmental Biology  (Developmental Biology)
巻： 426  号： 2  ページ： 301-324  発行年： 2017年 
JST資料番号： C0522A  ISSN： 0012-1606  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Xenopus laevis(アフリカツメガエル)は,3.1Gbの異質四倍体ゲノムを持ち,近縁種Xenopus tropicalisの二倍体ゲノムとは対照的である。ここでは,X.tropicalisからのオーソログと比較してX.laevis(アフリカツメガエル)ゲノムにおける転写因子(TF)をコードする412個の遺伝子(189homeolog対,1つの相同遺伝子クラスター対と28シングルトン)を同定した。これら遺伝子はホメオボックス遺伝子ファミリー(Mix/Bix,Lhx,Nkx,対,POU,及び通気),Sox,Fox,Pax,Dmrt,Hes,GATA,Tボックス,およびいくつかの時計遺伝子を含んでいる。TFの最もhomeolog対は,より高い平均速度(87.1% vs 60.2%)で二X.laevisサブゲノム,LおよびSと命名した中に保持される。28シングルトンのうち,82.1%はSサブゲノムの染色体,全ゲノム平均(82.1% vs 74.6%)と同様の速度から削除した。興味深いことに,仮定された機能的遺伝子クラスターにおける連続的に存在する,nkx2.2a1,nkx2.2a8およびpax9はS染色体から欠失し,クラスタレベル遺伝子調節を示唆した。トランスクリプトーム相関分析は,TF homeolog対は多くの他の型の遺伝子のより保守的な発生的発現プロファイルを持つ傾向があることを示した。いくつかのケースでは,しかしながら,homeologsのどちらかが大きく異なる時空間的発現パターンを示し,異質四倍体後新機能化,潜在的機能分化またはnonfunctionalizationを示唆した。otx1の分析は,はるかに低い発現レベルと相同体は大きなアミノ酸配列多様化を受けていることを示唆している。筆者らの包括的研究は,TF homeologsは異質四倍体後高度に保守的であることを意味し,これは恐らくこれらの昆虫が結合するDNA配列も重複していたが,いくつかのケースでは,発現レベルが異なっていたまたはそれらの標的遺伝子の用量感受性調節に起因するシングルトンとなった。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ホメオボックス遺伝子 ,  感受性 ,  ゲノム ,  *遺伝子 ,  四倍体 ,  クラスタ ,  トランスクリプトーム ,  アミノ酸配列 ,  *転写因子 ,  *アフリカツメガエル ,  DNA配列 ,  遺伝子クラスタ ,  *遺伝子発現プロファイリング ,  遺伝子発現調整 ,  昆虫綱 ,  *ピパ科 ,  遺伝 ,  節足動物 ,  無脊椎動物
準シソーラス用語： 遺伝的調節 ,  昆虫類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 転写因子 ,  遺伝子重複 ,  Homeolog ,  Xenopus laevis(アフリカツメガエル) ,  潜在的機能分化

分類 (1件)： 発生と分化  (EJ16020W)

タイトルに関連する用語 (6件)： Xenopus ,  アフリカツメガエル ,  転写因子 ,  遺伝子発現プロファイル ,  保守性 ,  変動性