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J-GLOBAL ID：201802253747537628   整理番号：18A1071389

T7リゾチームとT7 RNAポリメラーゼとのpH依存性示差相互作用の計算評価【JST・京大機械翻訳】

A computational assessment of pH-dependent differential interaction of T7 lysozyme with T7 RNA polymerase

著者 (2件)： Borkotoky Subhomoi (Centre for Bioinformatics, School of Life Sciences, Pondicherry University, Puducherry, India) ,  Murali Ayaluru (Centre for Bioinformatics, School of Life Sciences, Pondicherry University, Puducherry, India)
資料名： BMC Structural Biology (Web)  (BMC Structural Biology (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 7  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7369A  ISSN： 1472-6807  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:N-アセチルムラモイル-L-アラニンアミダーゼとして知られるT7リゾチーム(T7L)はT7バクテリオファージ遺伝子産物である。それは2つの機能を含む:細菌細胞壁におけるアミド結合を切断し,転写阻害の一部としてT7RNAポリメラーゼ(T7RNAP)と相互作用する。本研究では,分子動力学(MD)計算および計算相互作用研究の助けを借りて,T7Lの立体配座柔軟性およびT7RNAP-T7L相互作用に及ぼすそれらの影響に及ぼすpH条件の変化の影響を調べた。結果:3つの異なるpH強度でのT7LのMD研究から。5,中性および7.9は,pH5でのT7L構造が,より多くの残基レベルの変動,2次構造要素の減少,およびその対応物と比較してより少ないコンパクト性を示すことが観察された(中性pHおよびpH7.9)。MDトラジェクトリーのT-パッド分析は,3つのpH強度における立体配座の違いに影響を及ぼす少数の残基における局所的変動を同定した。同じpH強度でT7RNAP構造を持つ異なるpH強度(自由エネルギー景観解析から得られた)におけるT7Lの最小エネルギー代表構造のドッキングから,pH7.9とpH5で強い相互作用パターンを得た。これらの錯体のMD解析もドッキング研究の観察を確認した。in silico研究から,T7RNAP相互作用に関与する異なるpH強度でT7LのN末端及びヘリックス1近傍に立体配座変化があり,それにより相互作用パターンを変化させることが観察された。【結論】in vitroおよびin vivo実験の両方で最も生物学的に有用な蛋白質の新規治療法およびT7RNAPを開発するために,T7LおよびT7RNAPと異なるpHでのT7RNAPとの示差相互作用のin silico研究は,pH環境変化におけるT7LおよびT7RNAPの構造研究への重要な洞察を提供する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ドッキング ,  in vitro実験 ,  自由エネルギー ,  *pH依存性 ,  分子動力学 ,  in vivo実験 ,  二次構造 ,  立体配座 ,  配座転移 ,  *RNAポリメラーゼ ,  バクテリオファージ ,  *リゾチーム ,  タンパク質 ,  *相互作用
準シソーラス用語： in silico , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： T7リゾチーム ,  T7 RNAポリメラーゼ ,  分子動力学シミュレーション ,  ドッキング ,  主成分分析 ,  Tパッド解析

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (31件)：

• Adv Virus Res; Endolysins as antimicrobials; DC Nelson, M Schmelcher, L Rodriguez-Rubio, J Klumpp, DG Pritchard, S Dong, DM Donovan; 83; 2012; 299-365; 10.1016/B978-0-12-394438-2.00007-4; CR1;
• Curr Opin Biotechnol; Bacteriophage endolysins: applications for food safety; M Schmelcher, MJ Loessner; 37; 2016; 76-87; 10.1016/j.copbio.2015.10.005; CR2;
• Syst Appl Microbiol; The bacteriolytic activity in transgenic potatoes expressing a chimeric T4 lysozyme gene and the effect of T4 lysozyme on soil- and phytopathogenic bacteria; J Vries, K Harms, I Broer, G Kriete, A Mahn, K During, W Wackernagel; 22; 2; 1999; 280-6; 10.1016/S0723-2020(99)80075-7; CR3;
• Tiwari R, Dhama K, Chakrabort S, Kapoor S. Enzybiotics: new weapon in the army of antimicrobials: a review. Asian J Anim Vet Adv. 2014;9(3):144-163.
• Appl Environ Microbiol; Use of a bacteriophage lysin, PlyC, as an enzyme disinfectant against Streptococcus equi; JT Hoopes, CJ Stark, HA Kim, DJ Sussman, DM Donovan, DC Nelson; 75; 5; 2009; 1388-94; 10.1128/AEM.02195-08; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： リゾチーム ,  RNAポリメラーゼ ,  pH依存性 ,  相互作用 ,  計算 ,  評価