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J-GLOBAL ID：201802254051982034   整理番号：18A0965673

GuidSeq CRISPR-CASヌクレアーゼのためのガイド-seqデータセットを解析するための生体導体パッケージ【JST・京大機械翻訳】

GUIDEseq: a bioconductor package to analyze GUIDE-Seq datasets for CRISPR-Cas nucleases

著者 (11件)： Zhu Lihua Julie (Department of Molecular, Cell and Cancer Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Zhu Lihua Julie (Program in Bioinformatics and Integrative Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Zhu Lihua Julie (Department of Molecular Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Lawrence Michael (Genentech, San Francisco, USA) ,  Gupta Ankit (Department of Molecular, Cell and Cancer Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Pages Herve (Program in Computational Biology, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, USA) ,  Kucukural Alper (Department of Molecular Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Garber Manuel (Program in Bioinformatics and Integrative Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Garber Manuel (Department of Molecular Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Wolfe Scot A. (Department of Molecular, Cell and Cancer Biology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA) ,  Wolfe Scot A. (Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, University of Massachusetts Medical School, Worcester, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 379  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】CRISPR-Cas9ヌクレアーゼシステムの周りで開発されたゲノム編集技術は,広範囲の生物学的質問の研究を促進した。これらのヌクレアーゼは種々の遺伝的疾患を治療するために非常に有望である。それらの治療応用の文脈において,特定のガイドRNAでプログラムされたとき,候補ヌクレアーゼによって切断されるゲノム配列のスペクトルを同定することは,これらの部位の切断効率と同様に重要である。GUIDE-seqのような強力な新しい実験的アプローチは,ゲノム内のヌクレアーゼ切断部位の高感度で非バイアスのゲノムワイド検出を容易にする。GUIDE-seqデータを処理するための柔軟なバイオインフォマティクス解析ツールが必要である。【結果】著者らは,GUIDE-seqデータ解析のためのオープンソース,オープン開発ソフトウェアスイート,GUIDEseq,およびRにおけるバイオ導体パッケージとしてのアノテーションを記述する。GUIDEseqパッケージは,カスタムヌクレアーゼアプリケーションに関連するデータセットの分析のために,60以上の調整可能なパラメータを持つ柔軟なプラットフォームを提供する。これらのパラメータは,それらのガイドとPAM認識配列またはそれらのDNA切断位置において異なる長さと複雑さを有する異なるヌクレアーゼプラットフォームに対してデータ解析を調整することを可能にした。それらはまた,ユーザがシーケンス集約基準をカスタマイズすることを可能にし,回収された潜在的なオフターゲットサイトの数に影響を与えることができるピーク呼び出し閾値を変化させる。GUIDEseqはまた,これらがさらなる特性化のための最も重要なオフターゲット部位である可能性があるので,ゲノムアノテーション情報に基づく遺伝子と重複する潜在的なオフターゲット部位を発表する。加えて,GUIDEseqは,異なるヌクレアーゼ配置または実験条件の迅速な比較のために,異なるデータセット間のオフターゲットサイト重なりを比較し可視化することを可能にした。それぞれの同定されたオフターゲットに対して,GUIDEseqパッケージ出力は,GUIDE-Seq読出しカウントと,ユーザ指定オフターゲット開裂スコア予測アルゴリズムからの切断スコアをマップ化し,予想外の切断活性を持つゲノム配列の同定を可能にした。【結論】GUIDEseqパッケージは,定義されたゲノム配列を有するあらゆる種のための様々なヌクレアーゼプラットフォームからのGUIDEデータの分析を可能にする。このソフトウェアパッケージを用いて,いくつかのGUIDE-seqデータセットを解析した。ソフトウェア,ソースコードおよびdocuメンテーションは,http://www.bioconductor.org/パッケージ/リリース/bioC/html/GUIDEseq.htmlで自由に利用可能である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： バイアス ,  ゲノム ,  スペクトル ,  プログラムパッケージ ,  カスタム化 ,  ソフトウェア ,  アノテーション ,  キャラクタリゼーション ,  *ヌクレアーゼ ,  データ解析 ,  可視化 ,  高感度
準シソーラス用語： スコア ,  バイオインフォマティクス ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ゲノム編集 ,  CRISPR ,  ガイド-seq ,  オフターゲット分析 ,  生体伝導体

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

引用文献 (51件)：

• Hum Gene Ther; The bacterial origins of the CRISPR genome-editing revolution; EJ Sontheimer, R Barrangou; 26; 7; 2015; 413-424; 10.1089/hum.2015.091; CR1;
• Science (New York, NY); Genome editing. The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9; JA Doudna, E Charpentier; 346; 6213; 2014; 1258096; 10.1126/science.1258096; CR2;
• Nat Biotechnol; CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes; JD Sander, JK Joung; 32; 4; 2014; 347-355; 10.1038/nbt.2842; CR3;
• Nat Commun; Internal guide RNA interactions interfere with Cas9-mediated cleavage; SB Thyme, L Akhmetova, TG Montague, E Valen, AF Schier; 7; 2016; 11750; 10.1038/ncomms11750; CR4;
• Nat Biotechnol; Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9; JG Doench, N Fusi, M Sullender, M Hegde, EW Vaimberg, KF Donovan, I Smith, Z Tothova, C Wilen, R Orchard; 34; 2; 2016; 184-191; 10.1038/nbt.3437; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： CRISPR ,  CAS ,  ヌクレアーゼ ,  データセット ,  解析 ,  生体 ,  導体 ,  パッケージ