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J-GLOBAL ID：201802261804817430   整理番号：18A1071941

出芽酵母におけるキナーゼ-ホスファターゼネットワークのbow tie構造の機能的原理の描写【JST・京大機械翻訳】

Delineating functional principles of the bow tie structure of a kinase-phosphatase network in the budding yeast

著者 (4件)： Abd-Rabbo Diala (Departement de Biochimie et Medecine Moleculaire, Universite de Montreal, Montreal, Canada) ,  Abd-Rabbo Diala (Centre Robert-Cedergren, Bio-Informatique et Genomique, Universite de Montreal, Montreal, Canada) ,  Michnick Stephen W. (Departement de Biochimie et Medecine Moleculaire, Universite de Montreal, Montreal, Canada) ,  Michnick Stephen W. (Centre Robert-Cedergren, Bio-Informatique et Genomique, Universite de Montreal, Montreal, Canada)
資料名： BMC Systems Biology (Web)  (BMC Systems Biology (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 38  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7370A  ISSN： 1752-0509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】キナーゼとホスファターゼ(KP)は,細胞信号処理に必須の複雑な自己制御ネットワークを形成する。KPsとそれらの基板の間の相互作用についての多くのデータを持っているにもかかわらず,それらの構造の非常に限られたモデルを有し,その結果,それらの構造がこれらのネットワークにおける情報の流れを決定する方法についての仮説を定式化する能力が制限されている。【結果】酵母Saccharomyces cerevisiaeに対して今日までに知られている最大のbona fideキナーゼ-ホスファターゼネットワーク(KP-Net)を組み立て,研究した。KP-Netに対する頂点ソート(VS)アルゴリズムの適用により,ノードがトップ,コアおよび底層に分類される階層構造を明らかにし,強く接続されたコア層を有する船首構造を形成することを可能にした。驚くべきことに,ホスファターゼは上部層に分類される傾向があり,それらはキナーゼよりリン酸化により調節されないことを意味する。KP-Net階層上のKP生物学的性質の最も広い範囲の重ね合わせは,コア層KPsを示す。(i)入力の最大数を受け取る。(ii)多重経路と意思決定に関係するボトルネックを形成する。(iii),時間的および空間的に最も調節されたKPの中にある。さらに,上層KPsは底層におけるそれらよりも豊富で雑音が少ない。最後に,VSアルゴリズムがソートネットワークの生物学的結果をバイアスすることなくノードの程度に依存することを示した。VSアルゴリズムはRパッケージとして利用可能である。【結論】KP-Netモデルは,トップ層が最も高い忠実度を確実にするように見え,コア層が信号統合と細胞状態依存性信号解釈を仲介するように見えるようになる。酵母KP-Netの著者らのモデルは,今日,著者らが理解するようにその組織化への機能的洞察と一般的に酵母と真核生物における情報処理の将来の研究のための枠組みを提供する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *Saccharomyces cerevisiae ,  真核生物 ,  リン酸化 ,  *酵母 ,  階層構造 ,  相互作用 ,  *ネットワーク ,  アルゴリズム ,  *ホスファターゼ ,  酵母菌属 ,  雑音 ,  ソーティング ,  意思決定 ,  定式化
準シソーラス用語： *キナーゼ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： キナーゼ-ホスファターゼシグナル伝達ネットワーク ,  ネットワーク階層構造 ,  トポロジカル特性 ,  生物学的性質 ,  頂点ソートアルゴリズム ,  細胞挙動の機能的原理 ,  Saccharomyces cerevisiae

分類 (2件)： 細胞生理一般  (EF02010S) ,  酵素一般  (EB09010D)

引用文献 (58件)：

• Curr Opin Cell Biol; Regulated protein kinases and phosphatases in cell cycle decisions; B Novak, O Kapuy, MR Domingo-Sananes, JJ Tyson; 22; 6; 2010; 801-8; 10.1016/j.ceb.2010.07.001; CR1;
• Cell; Functional organization of the S. cerevisiae phosphorylation network; D Fiedler, H Braberg, M Mehta, G Chechik, G Cagney, P Mukherjee; 136; 5; 2009; 952-63; 10.1016/j.cell.2008.12.039; CR2;
• Science; A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast; A Breitkreutz, H Choi, JR Sharom, L Boucher, V Neduva, B Larsen; 328; 5981; 2010; 1043-6; 10.1126/science.1176495; CR3;
• Sci Signal; Phosphoproteomic analysis reveals interconnected system-wide responses to perturbations of kinases and phosphatases in yeast; B Bodenmiller, S Wanka, C Kraft, J Urban, D Campbell, PG Pedrioli; 3; 153; 2010; rs4; CR4;
• Proc Natl Acad Sci U S A; Analysis of diverse regulatory networks in a hierarchical context shows consistent tendencies for collaboration in the middle levels; N Bhardwaj, KK Yan, MB Gerstein; 107; 15; 2010; 6841-6; 10.1073/pnas.0910867107; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： 出芽酵母 ,  キナーゼ ,  ホスファターゼ ,  原理