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J-GLOBAL ID：201802264852448924   整理番号：18A1114707

ウシゲノムにおける推定エンハンサー部位は複雑な形質に影響する変異体に富む【JST・京大機械翻訳】

Putative enhancer sites in the bovine genome are enriched with variants affecting complex traits

著者 (8件)： Wang Min (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, Australia) ,  Hancock Timothy P. (Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Bundoora, Australia) ,  MacLeod Iona M. (Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Bundoora, Australia) ,  Pryce Jennie E. (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, Australia) ,  Pryce Jennie E. (Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Bundoora, Australia) ,  Cocks Benjamin G. (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, Australia) ,  Cocks Benjamin G. (Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Bundoora, Australia) ,  Hayes Benjamin J. (Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Bundoora, Australia)
資料名： Genetics Selection Evolution (Web)  (Genetics Selection Evolution (Web))
巻： 49  号： 1  ページ： 56  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7383A  ISSN： 1297-9686  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】エンハンサーは非コードDNA配列であり,それらが特異的蛋白質によって結合されるとき,遺伝子転写のレベルを増加させる。エンハンサーは異なるタイプの細胞内または異なる条件下でユニークな遺伝子発現パターンを活性化する。エンハンサーは遺伝子調節に対する重要な寄与因子であり,ヒトおよびマウスにおける量的形質に影響する原因変異体はエンハンサー領域に位置している。しかしながら,ウシゲノムにおいて,他の調節要素と同様にエンハンサーはまだ十分に定義されていない。本論文では,公的に利用可能な哺乳類エンハンサー情報を用いて,ウシエンハンサー領域のアノテーションを改善することを試みた。同定された推定ウシエンハンサー領域が乳生産形質に影響する機能的変異体に富むかどうかを試験するために,著者らは全ゲノム配列データを用いて全ゲノム関連研究を行い,続いてメタ分析と濃縮分析を行った。【結果】ヒトおよびマウスエンハンサーデータベースとの配列相同性に基づいて同定されたエンハンサーデータと組み合わせて,公的に利用可能なウシChIP-Seqエンハンサーデータを用いることにより,候補ウシエンハンサー領域のライブラリーを作製した。著者らは,16581頭の乳牛における乳生産形質に関連する全ゲノム配列変異体は,置換試験および遺伝子セット濃縮分析の両方から,ウシ肝臓H3K4me3およびH3K27acヒストン修飾により特徴づけられるエンハンサー領域に富んでいることを見出した。ヒトおよびマウスエンハンサー領域との配列相同性に基づいて同定されたエンハンサー領域は,ウシChIP-Seq候補エンハンサー領域としてのtrait関連配列変異体により強く濃縮されていなかった。ウシChIP-Seq富化エンハンサー領域は,酪農および牛肉牛における妊娠,成長,耐病性,肉質および量,および乳質および量特性に関連する遺伝子および量的形質遺伝子座に位置していた。結論:著者らの結果は,ウシの非コード化ゲノム領域に位置するエンハンサー領域内の配列変異体が複雑な形質の変化に寄与することを示唆する。ヒトおよびマウスデータとの配列相同性により同定されたエンハンサー領域よりもウシ肝臓組織においてヒストン修飾H3K4me3およびH3K27acを検出することにより同定されたウシ特異的エンハンサー領域における濃縮レベルは高かった。これらの結果は,エンハンサー領域の同定に対するウシ特異的実験データの使用の必要性を強調する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： エンハンサー領域 ,  ヒト ,  遺伝的調節 ,  牛肉 ,  量的形質遺伝子座 ,  *ゲノム ,  タンパク質 ,  乳牛 ,  符号化 ,  アノテーション ,  メタ分析 ,  耐病性
準シソーラス用語： ヒストン修飾 ,  ゲノム配列 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (57件)：

• J Dairy Sci; Invited review: genomic selection in dairy cattle: progress and challenges; BJ Hayes, PJ Bowman, AJ Chamberlain, ME Goddard; 92; 2009; 433-443; 10.3168/jds.2008-1646; CR1;
• Mamm Genome; Targeted imputation of sequence variants and gene expression profiling identifies twelve candidate genes associated with lactation volume, composition and calving interval in dairy cattle; LA Raven, BG Cocks, KE Kemper, AJ Chamberlain, CJ Vander Jagt, ME Goddard; 27; 2016; 81-97; 10.1007/s00335-015-9613-8; CR2;
• Nat Genet; Defining the role of common variation in the genomic and biological architecture of adult human height; AR Wood, T Esko, J Yang, S Vedantam, TH Pers, S Gustafsson; 46; 2014; 1173-1186; 10.1038/ng.3097; CR3;
• Nat Rev Genet; Enhancers: five essential questions; LA Pennacchio, W Bickmore, A Dean, MA Nobrega, G Bejerano; 14; 2013; 288-295; 10.1038/nrg3458; CR4;
• Science; Ultraconserved elements in the human genome; G Bejerano, M Pheasant, I Makunin, S Stephen, WJ Kent, JS Mattick; 304; 2004; 1321-1325; 10.1126/science.1098119; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： ウシ ,  ゲノム ,  推定 ,  形質 ,  変異体