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J-GLOBAL ID：201802272439018206   整理番号：18A0965442

Exome QTL-seqはオオムギにおける単一遺伝子座とqtlsをマップする【JST・京大機械翻訳】

Exome QTL-seq maps monogenic locus and QTLs in barley

著者 (5件)： Hisano Hiroshi (Institute of Plant Science and Resources, Okayama University, Kurashiki, Japan) ,  Sakamoto Kazuki (Institute of Plant Science and Resources, Okayama University, Kurashiki, Japan) ,  Takagi Hiroki (Iwate Biotechnology Research Center, Kitakami, Japan) ,  Terauchi Ryohei (Iwate Biotechnology Research Center, Kitakami, Japan) ,  Sato Kazuhiro (Institute of Plant Science and Resources, Okayama University, Kurashiki, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 125  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:バルク分離分析と次世代配列決定(NGS)と組み合わせたQTL-seqは,小植物ゲノムの遺伝子座を同定するために使用されるが,オオムギのような大きなゲノムを持つ種では技術的に困難である。100倍の半数体オオムギ系統の個体群において分離された真菌Pyrenophora teresによって引き起こされたオオムギの一般的な病害である正味の斑点病に対する抵抗性のために,単一要因メンデル遺伝子座の黒いlemmaと果皮(Blp)とQTLをマップするために,exome配列とQTL-seq(exome QTL-seq)の組合せを用いた。【方法】各染色体に対して,ゲノム情報に基づく発現遺伝子の遺伝子座と,200bpスペーサの間隔を持つ遺伝子を連結することにより,暫定的なexome配列を調製した。QTL-seqパイプラインを用いて,外部捕捉ライブラリーからの短い読み取りを分析した。【結果】本研究において,極端な形質値を有する分離株からのバルク全DNAサンプルの短いNGS読み取りを,exome捕獲にかけて,結果としてのexome配列を参照ゲノムに整列させた。SNP対立遺伝子頻度を比較し,系統間の形質値差に関与する遺伝子/QTLの位置を同定した。調べた両目的形質について,exome QTL-seqは単一遺伝子メンデル遺伝子座と関連QTLを同定した。これらの知見を従来のマッピングアプローチを用いて検証した。結論:exome QTL-seqは,大きなゲノムを持つ生物におけるNGSに基づく遺伝子/QTLマッピングの有用性を広げる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 半数体 ,  個体群 ,  果皮 ,  斑点病 ,  真菌類 ,  ゲノム ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子頻度 ,  *遺伝子 ,  *オオムギ
準シソーラス用語： QTL解析 ,  分離株 ,  ゲノム情報 ,  Pyrenophora teres ,  植物ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： エクソーム配列決定 ,  Hordeum vulgare ,  カーネルカラー ,  マッピング ,  ネットブロット ,  QTL-seq

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  麦  (FC03033M)

引用文献 (28件)：

• Nat Biotech; Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap; A Abe, S Kosugi, K Yoshida, S Natsume, H Takagi, H Kanzaki; 30; 2012; 174-178; 10.1038/nbt.2095; CR1;
• Plant J; QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations; H Takagi, A Abe, K Yoshida, S Kosugi, S Natsume, C Mitsuoka; 74; 2013; 174-183; 10.1111/tpj.12105; CR2;
• Nature; A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome; 491; 2012; 711-716; CR3;
• DNA Res; Development of 5006 full-length cDNAs in barley: A tool for accessing cereal genomics resources; K Sato, T Shin-I, M Seki, K Shinozaki, H Yoshida, K Takeda; 16; 2009; 81-89; 10.1093/dnares/dsn034; CR4;
• Plant Physiol; Comprehensive sequence analysis of 24,783 barley full-length cDNAs derived from 12 clone libraries; T Matsumoto, T Tanaka, H Sakai, N Amano, H Kanamori, K Kurita; 156; 2011; 20-28; 10.1104/pp.110.171579; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： QTL ,  オオムギ ,  遺伝子座 ,  マップ