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J-GLOBAL ID：201802277794620656   整理番号：18A0590436

配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化

Acceleration of Sequence Homology Search Tool GHOSTZ-GPU on MPI environment

著者 (7件)： 後藤公太 (東京工大 情報理工学院) ,  後藤公太 (東京工大) ,  大上雅史 (東京工大 情報理工学院) ,  石田貴士 (東京工大 情報理工学院) ,  石田貴士 (東京工大) ,  秋山泰 (東京工大 情報理工学院) ,  秋山泰 (東京工大)
資料名： 情報処理学会研究報告(Web)  (IPSJ Technical Report (Web))
巻： 2018  号： BIO-53  ページ： Vol.2018-BIO-53,No.7,1-8 (WEB ONLY)  発行年： 2018年03月02日 
JST資料番号： U0451A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： GHOSTZ-GPUはメタゲノム解析において,配列相同性検索...

シソーラス用語： *遺伝学 ,...
準シソーラス用語： *DNA配列解析 ,...

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分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  ディジタル計算機方式一般  (JC02010O)

引用文献 (14件)：

• Huttenhower C., Gevers D., Knight R., et al. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature, 486(7402), 207, (2012).
• Arumugam M., Raes J., Pelletier E., et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature, 473(7346), 174, (2011).
• Altschul S. F., Gish W., Miller W., et al. Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology, 215(3), 403-410, (1990).
• Zhao Y., Tang H., and Ye Y. RAPSearch2: a fast and memory-efficient protein similarity search tool for nextgeneration sequencing data. Bioinformatics, 28(1), 125-126, (2011).
• Buchfink B., Xie C., and Huson D. H. Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nature Methods, 12(1), 59-60, (2015).

タイトルに関連する用語 (6件)： 相同性検索 ,  ツール ,  GPU ,  MPI ,  環境 ,  高速化