特許

J-GLOBAL ID：201803000270177897

自動反応カートリッジにおける、DNAメチル化の統合精製及び測定並びに突然変異及び/又はmRNA発現レベルの同時測定

発明者： エドウィン・ダブリュー・ライ ,  アンドリュー・コールウェイ ,  リウエル・ヴァナッタ ,  ラッセル・ヒグチ ,  アレクサンダー・ゴール ,  クリステン・コックモンド
出願人/特許権者： セファイド
代理人 (3件)： 村山 靖彦 ,  実広 信哉 ,  阿部 達彦
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2017-564901
公開番号（公開出願番号）：特表2018-524978
出願日： 2016年06月14日
公開日（公表日）： 2018年09月06日
要約：

様々な実施形態では、DNAのメチル化を決定する方法を提供する。例示的であるが非限定的な一実施形態では、本方法は、i)核酸を含む生体試料を、第1のカラム又はフィルターを構成する第1のマトリックス材料と接触させる工程であって、前記マトリックス材料が前記試料中の核酸と結合する及び/又はそれを濾過することによってDNAが精製される工程と、ii)結合したDNAを第1のマトリックス材料から溶出させ、DNAを変性させて、溶出された変性DNAを生成する工程と、iii)溶出されたDNAを亜硫酸水素塩イオンの存在下で加熱して、脱アミノ化核酸を生成する工程と、iv)前記脱アミノ化核酸を、第2のカラムを構成する第2のマトリックス材料と接触させて、前記脱アミノ化核酸を前記第2のマトリックス材料と結合させる工程と、v)結合した脱アミノ化核酸を脱スルホン化する、並びに/又は脱アミノ化核酸をアルカリ溶液と接触させることによって核酸を同時に溶出及び脱スルホン化して、亜硫酸水素塩変換された核酸を生成する工程と、vi)前記亜硫酸水素塩変換された核酸を前記第2のマトリックス材料から溶出させる工程と、vii)前記亜硫酸水素塩変換された核酸に対して、メチル化特異的PCR及び/又は核酸シーケンシング及び/又は高分解能融解分析(HRM)を行って、前記核酸のメチル化を決定する工程を含み、少なくとも工程iv)からvi)を単一の反応カートリッジで行う。

請求項（抜粋）：

i)核酸を含む生体試料を、第1のカラム又はフィルターを構成する第1のマトリックス材料と接触させる工程であって、前記マトリックス材料が前記試料中の核酸と結合する及び/又はそれを濾過することによってDNAが精製される工程と、 ii)結合したDNAを第1のマトリックス材料から溶出させ、DNAを変性させて、溶出された変性DNAを生成する工程と、 iii)溶出されたDNAを亜硫酸水素塩試薬の存在下で加熱して、脱アミノ化核酸を生成する工程と、 iv)前記脱アミノ化核酸を、第2のカラムを構成する第2のマトリックス材料と接触させて、前記脱アミノ化核酸を前記第2のマトリックス材料と結合させる工程と、 v)結合した脱アミノ化核酸を脱スルホン化する、並びに/又は脱アミノ化核酸をアルカリ溶液と接触させることによって核酸を同時に溶出及び脱スルホン化して、変換された(たとえば亜硫酸水素塩変換された)核酸を生成する工程と、 vi)前記亜硫酸水素塩変換された核酸を前記第2のマトリックス材料から溶出させる工程と、 vii)前記変換された核酸に対して、メチル化特異的PCR及び/又は核酸シーケンシング及び/又は高分解能融解分析(HRM)を行って、前記核酸のメチル化を決定する工程と を含み、少なくとも工程iv)からvi)を単一の反応カートリッジで行う、核酸のメチル化状態を決定するための方法。

IPC (8件)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/687 ,  C12Q 1/684 ,  C12N 15/10 ,  C12N 15/11 ,  C12Q 1/686 ,  C12Q 1/685 ,  G01N 33/50

FI (9件)：

C12N15/09 Z ,  C12Q1/6876 Z ,  C12Q1/6844 Z ,  C12N15/10 112Z ,  C12N15/11 Z ,  C12N15/10 110Z ,  C12Q1/6869 C ,  C12Q1/6851 Z ,  G01N33/50 P

Fターム (38件)：

2G045AA13 ,  2G045AA16 ,  2G045AA25 ,  2G045AA26 ,  2G045AA35 ,  2G045BA13 ,  2G045BB01 ,  2G045CA25 ,  2G045CA26 ,  2G045CB01 ,  2G045CB02 ,  2G045CB03 ,  2G045CB07 ,  2G045CB08 ,  2G045CB17 ,  2G045DA13 ,  2G045FA29 ,  2G045FB01 ,  2G045FB02 ,  2G045FB03 ,  2G045FB12 ,  2G045GC15 ,  2G045JA07 ,  2G045JA09 ,  4B063QA01 ,  4B063QA13 ,  4B063QA19 ,  4B063QQ03 ,  4B063QQ42 ,  4B063QR08 ,  4B063QR14 ,  4B063QR32 ,  4B063QR50 ,  4B063QR56 ,  4B063QR62 ,  4B063QS15 ,  4B063QS25 ,  4B063QX02

引用特許：

審査官引用 (2件)

• 一体型流体操作カートリッジ
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2009-170254   出願人：セフィード
• 重亜硫酸処理のための新規方法
  公報種別：公表公報   出願番号：特願2008-544851   出願人：エフ.ホフマン-ラロシュアーゲー

引用文献：

審査官引用 (5件)

• Single-tube analysis of DNA methylation with silica superparamagnetic beads
• Performance Evaluation of Kits for Bisulfite-Conversion of DNA from Tissues, Cell Lines, FFPE Tissue
• High Pure PCR Product Purification Kit, 200501
• Performance Evaluation of Kits for Bisulfite-Conversion of DNA from Tissues, Cell Lines, FFPE Tissue
• High Pure PCR Product Purification Kit, 200501