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J-GLOBAL ID：201902210942733107   整理番号：19A0788552

メタ分析に基づく結腸直腸癌サブタイプ間のトランスクリプトームの連続性【JST・京大機械翻訳】

Continuity of transcriptomes among colorectal cancer subtypes based on meta-analysis

著者 (20件)： Ma Siyuan (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, USA) ,  Ogino Shuji (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Parsana Princy (Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, USA) ,  Nishihara Reiko (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Qian Zhirong (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Shen Jeanne (Department of Pathology, University of Texas, Southwestern Medical Center, Dallas, USA) ,  Mima Kosuke (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Masugi Yohei (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Cao Yin (Department of Nutrition, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, USA) ,  Nowak Jonathan A. (Department of Pathology, Brigham and Women’s Hospital, Boston, USA) ,  Shima Kaori (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Hoshida Yujin (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Giovannucci Edward L. (Department of Nutrition, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, USA) ,  Gala Manish K. (Gastroenterology, Department of Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, USA) ,  Chan Andrew T. (Gastroenterology, Department of Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, USA) ,  Fuchs Charles S. (Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Parmigiani Giovanni (Department of Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA) ,  Huttenhower Curtis (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, USA) ,  Waldron Levi (Graduate School of Public Health and Health Policy, City University of New York, New York, USA) ,  Waldron Levi (Institute of Implementation Science in Population Health, City University of New York, New York, USA)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 142  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結腸直腸癌(CRC)のサブタイプとトランスクリプトームに基づく他の癌を定義する以前のアプローチは,離散的なサブタイプの存在を仮定している。多数の患者からの結腸直腸腫瘍の遺伝子発現パターンを解析し,この仮説を検証し,独立した研究とコホートを横断して存在するサブタイプの連続体を同定するアプローチを提案した。著者らは,18の公表された遺伝子発現データセットと>3700人の患者を統合することにより,離散的CRCサブタイプの仮定を調べ,以前の報告とは反対に,離散的転写サブタイプの存在を支持する証拠を発見しなかった。複数のデータセットに存在する共発現パターンを同定するメタ分析アプローチを用いて,CRCトランスクリプトームを表すためのロバストで連続的に変化するサブタイプスコアを同定し,定義した。サブタイプスコアは,確立されたサブタイプ(マイクロサテライト不安定性と以前に提案された離散的トランスクリプトームサブタイプを含む)と一致するが,離散的なサブタイプより全体的な転写活性をより良く表す。また,スコアは,腫瘍位置,ステージ,グレード,および無病生存の時間のより良い予測因子である。遺伝子セット濃縮分析は,サブタイプスコアがDNA複製のT細胞機能,炎症反応およびサイクリン依存性キナーゼ調節を特徴付けることを明らかにした。CRCトランスクリプトームの離散的なサブタイプを支持する証拠は見出せず,代わりにCRCトランスクリプトームの連続性をより良く特性化するための2つの検証されたスコアを提案する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ロバスト性 ,  T細胞 ,  *連続性 ,  *トランスクリプトーム ,  腫瘍 ,  母集団 ,  遺伝子 ,  ヒト ,  *メタ分析 ,  キャラクタリゼーション ,  予測因子 ,  共発現 ,  *結腸直腸
準シソーラス用語： スコア ,  *サブタイプ ,  *結腸直腸癌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Colon癌 ,  腫瘍 ,  転写プロファイリング ,  進行

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (63件)：

• J Mol Diagn; Molecular classification and correlates in colorectal cancer; S Ogino, A Goel; 10; 2008; 13-27; 10.2353/jmoldx.2008.070082; citation_id=CR1
• N Engl J Med; Aspirin use, tumor PIK3CA mutation, and colorectal-cancer survival; X Liao, P Lochhead, R Nishihara, T Morikawa, A Kuchiba, M Yamauchi, Y Imamura, ZR Qian, Y Baba, K Shima; 367; 2012; 1596-1606; 10.1056/NEJMoa1207756; citation_id=CR2
• J Natl Cancer Inst; Microsatellite instability and BRAF mutation testing in colorectal cancer prognostication; P Lochhead, A Kuchiba, Y Imamura, X Liao, M Yamauchi, R Nishihara, ZR Qian, T Morikawa, J Shen, JA Meyerhardt; 105; 2013; 1151-1156; 10.1093/jnci/djt173; citation_id=CR3
• Nat Rev Cancer; Genetic prognostic and predictive markers in colorectal cancer; A Walther, E Johnstone, C Swanton, R Midgley, I Tomlinson, D Kerr; 9; 2009; 489-499; 10.1038/nrc2645; citation_id=CR4
• Nature; Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer; ; 487; 2012; 330-337; 10.1038/nature11252; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： メタ分析 ,  結腸直腸癌 ,  サブタイプ ,  トランスクリプトーム ,  連続性