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J-GLOBAL ID：201902263422022259   整理番号：19A1579664

計算機シミュレーションによる蛋白質のモルテングロビュール状態の構造アンサンブルの決定【JST・京大機械翻訳】

Determination of the structural ensemble of the molten globule state of a protein by computer simulations

著者 (10件)： Shimizu Masahiro (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Kajikawa Yukihito (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Kuwajima Kunihiro (Department of Physics, Graduate School of Science, University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Kuwajima Kunihiro (School of Computational Sciences, Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea) ,  Dobson Christopher M. (Centre for Misfolding Diseases, Department of Chemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Okamoto Yuko (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Okamoto Yuko (Information Technology Center, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Okamoto Yuko (Structural Biology Research Center, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Okamoto Yuko (Center for Computational Science, Graduate School of Engineering, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan) ,  Okamoto Yuko (JST-CREST, Nagoya, Aichi, Japan)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 87  号： 8  ページ： 635-645  発行年： 2019年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： イヌ乳リゾチームの融解小球体(MG)状態の構造的性質を調べるためにコンピュータシミュレーションを用いた。立体配座空間を効率的にサンプリングするために,反応座標として回転半径を持つレプリカ交換アンブレラサンプリングシミュレーションを行った。著者らは,平均力のポテンシャルを得るためにシミュレーションの軌道に加重ヒストグラム解析法を適用し,それから自由エネルギー表面における局所極小に対応する代表的構造を同定した。この方法で得られた代表的な構造は,以前に実験研究によって報告されたMG状態の特性と一致している。MG状態は比較的速い立体配座交換を受ける一連の部分構造化状態から成ると推測した。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  慣性半径 ,  ミクロスフェア ,  立体配座 ,  自由エネルギー ,  反応座標 ,  *タンパク質 ,  構造特性 ,  リゾチーム ,  アンブレラサンプリング ,  分子動力学シミュレーション ,  ヒストグラム解析 ,  加重 ,  *モルテングロビュール ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： レプリカ交換 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 牛乳リゾチーム ,  折畳み中間状態 ,  一般化アンサンブルアルゴリズム ,  分子動力学シミュレーション ,  モルテングロビュール ,  蛋白質折畳み ,  レプリカ交換アンブレラサンプリング

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (4件)： 計算機シミュレーション ,  蛋白質 ,  モルテングロビュール ,  アンサンブル