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J-GLOBAL ID：201902267480977802   整理番号：19A0659904

いくつかの化学グループのためのPK_Aの計算における方法論と化学グループ依存性の評価【JST・京大機械翻訳】

Assessment of Methodology and Chemical Group Dependences in the Calculation of the pK_a for Several Chemical Groups

著者 (3件)： Matsui Toru (Department of Chemistry, Graduate School of Pure and Applied Sciences, University of Tsukuba, Ibaraki, Japan) ,  Shigeta Yasuteru (Center for Computational Sciences, University of Tsukuba, Ibaraki, Japan) ,  Morihashi Kenji (Department of Chemistry, Graduate School of Pure and Applied Sciences, University of Tsukuba, Ibaraki, Japan)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 10  ページ： 4791-4803  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らの以前のスキーム[[引用文献情報:原文を参照]]に基づいてプロトン化可能なアミノ酸中に見出された特定の化学基の酸解離定数(pK_a値)の計算における種々の計算法の依存性を調べた。量子化学(QC)法(Hartree-Fock(HF)と摂動理論,および密度汎関数理論(DFT)),基底関数系,溶媒和モデル,および溶媒モデルに用いた空洞を変えることにより,それらの間のpK_a推定のための最良の組合せを見出すために約2,200の組合せを徹底的にテストした。試験したパラメータのうち,基底セットと空洞の選択は,他の因子と比較して実験値を再現するために最も重要である。基底関数系に関して,拡散関数の包含は,実験値から測定された平均絶対誤差(MAEs)から判断して,カルボキシル,チオール,およびフェノール基にとって非常に重要である。空洞モデルの中で,Pauling,Klamt,および普遍的力場(UFF)定義の間で,UFF定義空洞は最良の選択であり,最小のMAEsをもたらす。QC法に関して,ハイブリッドDFTsと距離分離DFTsは常に純粋なDFTsとHFより良い結果を提供する。結果として,PCM-SMD/UFFによるLC-πPBE/6-31+G-(d)は,0.15pK_a単位内のMAEによる最良のpK_a推定を提供することを見出した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸 ,  量子化学 ,  チオール ,  基底関数系 ,  プロトン化 ,  力の場 ,  *溶媒和 ,  酸解離定数 ,  密度汎関数法 ,  摂動論
準シソーラス用語： 平均絶対誤差 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  物理化学一般その他  (CB01030T)

引用文献 (1件)：

• Matsui ; Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 4181-4187

タイトルに関連する用語 (6件)： 化学 ,  グループ ,  計算 ,  方法論 ,  依存性 ,  評価