文献

J-GLOBAL ID：201902283160720256   整理番号：19A1650073

2012~2014年の日本におけるRotavirusA流行と進化の完全ゲノム配列の研究【JST・京大機械翻訳】

Study of Complete Genome Sequences of Rotavirus A Epidemics and Evolution in Japan in 2012-2014

著者 (7件)： Fujii Yoshiki (Department of Virology II, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan) ,  Doan Yen Hai (Department of Virology II, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan) ,  Suzuki Yoshiyuki (Graduate School of Natural Sciences, Nagoya City University, Nagoya, Japan) ,  Nakagomi Toyoko (Department of Hygiene and Molecular Epidemiology, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Nakagomi Osamu (Department of Hygiene and Molecular Epidemiology, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Katayama Kazuhiko (Department of Virology II, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan) ,  Katayama Kazuhiko (Laboratory of Viral Infection I, Kitasato University, Tokyo, Japan)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 38  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代配列決定技術を用いた包括的分子疫学研究を,3つの連続した季節(2012~2014)にわたって日本を横断する6つのセンチネルリンパ病院から収集した333のロタウイルスA(RVA)陽性試料について実施した。RVA分離株の大部分は5つの遺伝子型配置に分類された:Wa様G1P[8],DS-1様G1P[8],G2P[4],G3P[8]およびG9P[8]。系統発生分析は,系統の分布が地理的位置と流行季節によって変化することを示した。異なるGタイプのVP7遺伝子は,1年当たり7.26×10~-4~1.04×10~3ヌクレオチド置換で進化すると推定された。VP7のBayesタイムスケールツリーは,地域内の流行株の最も最近の一般的祖先への時間が1~3年であることを示し,一方,国を横切る流行株のそれは2~6年であった。本研究は,最初に,流行株が局所的に広がり,国内およびベースライン情報が,急速にRVASが広がる方法を予測するのに必要な時間枠を初めて提供した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ロタウイルス ,  遺伝子型 ,  遺伝子 ,  ヌクレオチド ,  高速度 ,  地理学 ,  基準線 ,  *ゲノム
準シソーラス用語： 系統解析 ,  分離株 ,  疫学研究 ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ロタウイルス ,  日本 ,  全ゲノム ,  次世代シークエンシング ,  再集合 ,  Bayes解析

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (50件)：

• Afrad M. H., Matthijnssens J., Afroz S. F., Rudra P., Nahar L., Rahman R., et al (2014). Differences in lineage replacement dynamics of G1 and G2 rotavirus strains versus G9 strain over a period of 22 years in Bangladesh. Infect. Genet. Evol. 28 214-222. doi: 10.1016/j.meegid.2014.10.002
• Arista S., Giammanco G. M., De Grazia S., Ramirez S., Lo Biundo C., Colomba C., et al (2006). Heterogeneity and temporal dynamics of evolution of G1 human rotaviruses in a settled population. J. Virol. 80 10724-10733. doi: 10.1128/jvi.00340-06
• Banyai K., Laszlo B., Duque J., Steele A. D., Nelson E. A., Gentsch J. R., et al (2012). Systematic review of regional and temporal trends in global rotavirus strain diversity in the pre rotavirus vaccine era: insights for understanding the impact of rotavirus vaccination programs. Vaccine 30(Suppl. 1), A122-A130. doi: 10.1016/j.vaccine.2011.09.111
• Chitambar S. D., Ranshing S. S., Pradhan G. N., Kalrao V. R., Dhongde R. K., Bavdekar A. R. (2014). Changing trends in circulating rotavirus strains in Pune, western India in 2009-2012: emergence of a rare G9P[4] rotavirus strain. Vaccine 32(Suppl. 1), A29-A32. doi: 10.1016/j.vaccine.2014.03.027
• Collins P. J., Mulherin E., O’Shea H., Cashman O., Lennon G., Pidgeon E., et al (2015). Changing patterns of rotavirus strains circulating in Ireland: re-emergence of G2P[4] and identification of novel genotypes in Ireland. J. Med. Virol. 87 764-773. doi: 10.1002/jmv.24095

タイトルに関連する用語 (5件)： 日本 ,  流行 ,  進化 ,  ゲノム配列 ,  研究