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J-GLOBAL ID：201902295194008950   整理番号：19A0717960

マイナー対立遺伝子はリスク対立遺伝子となりうるか【JST・京大機械翻訳】

Are minor alleles more likely to be risk alleles?

著者 (15件)： Kido Takashi (Rikengenesis Co., Ltd., Tokyo, Japan) ,  Kido Takashi (Preferred Networks, Inc., Tokyo, Japan) ,  Sikora-Wohlfeld Weronika (Division of Systems Medicine, Department of Pediatrics, Stanford University, Stanford, USA) ,  Kawashima Minae (Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Kikuchi Shinichi (AI System Department, DeNA, Inc., Tokyo, Japan) ,  Kamatani Naoyuki (StaGen Inc., Tokyo, Japan) ,  Patwardhan Anil (Personalis, Inc., Menlo Park, USA) ,  Chen Richard (Personalis, Inc., Menlo Park, USA) ,  Sirota Marina (Institute for Computational Health Sciences, University of California, San Francisco, USA) ,  Sirota Marina (Department of Pediatrics, University of California, San Francisco, USA) ,  Kodama Keiichi (Institute for Computational Health Sciences, University of California, San Francisco, USA) ,  Hadley Dexter (Institute for Computational Health Sciences, University of California, San Francisco, USA) ,  Hadley Dexter (Department of Pediatrics, University of California, San Francisco, USA) ,  Butte Atul J. (Institute for Computational Health Sciences, University of California, San Francisco, USA) ,  Butte Atul J. (Department of Pediatrics, University of California, San Francisco, USA)
資料名： BMC Medical Genomics (Web)  (BMC Medical Genomics (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 3  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7308A  ISSN： 1755-8794  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムワイド関連研究(GWAS)は57000以上の遺伝的変異体と疾患の間の関係を明らかにした。しかしながら,メンデル病とは異なり,複雑な疾患は,複数の遺伝的および環境的因子の相互作用から生じる。自然淘汰はメンデル病におけるマイナー対立遺伝子に富むリスク対立遺伝子の高い傾向をもたらした。したがって,以前に有利または中性の対立遺伝子は,その後有害になり,リスク対立遺伝子となる。NHGRI-EBI CatalogおよびVARIMEDデータベースにおけるデータを用いて,(1)GWASがリスク対立遺伝子をより容易に検出できるかどうかを調べ,(2)異なる疾患のリスク対立遺伝子頻度を比較することにより進化的洞察を容易にした。主要およびマイナー対立遺伝子がリスク対立遺伝子であるときの関連試験に対するP値の計算機シミュレーションを行った。リスク対立遺伝子が観察された割合と小さい対立遺伝子であるSNVsの予想される割合を比較した。著者らの統計的結果は,リスク対立遺伝子が,特に低いマイナー対立遺伝子頻度(MAFs<0.1)を有する変異体に対して,マイナーな対立遺伝子に富むことを明らかにした。著者らの計算機シミュレーションは,>50%のリスク対立遺伝子が,特に低いMAFsまたは対照の数が症例数を超えると,小さい対立遺伝子と主要な対立遺伝子の間を区別するGWASの力の大きな差のため,マイナーな対立遺伝子であることを明らかにした。しかしながら,低MAFs(<0.1)におけるマイナーと主要対立遺伝子の間の観察された比率は,特に平均リスク対立遺伝子頻度が低く,近視,突然心停止,全身性エリテマトーデスなどの疾患に対して,GWASの電力不均衡の予想比よりはるかに大きかった。マイナーな対立遺伝子は,複雑な疾患に関する公表されたGWASにおけるリスク対立遺伝子である可能性が高い。1つの理由は,小対立遺伝子がGWASにおけるリスク対立遺伝子としてより容易に検出されることである。GWASの電力不均衡を補正しても,特に平均リスク対立遺伝子頻度が低いいくつかの疾患において,マイナーな対立遺伝子はリスク対立遺伝子である可能性が高い。これらの分析は,種々の複雑な病気における負の自然淘汰の程度を定量化する将来の研究の出発点として役立つ。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  心停止 ,  計算機シミュレーション ,  *対立遺伝子 ,  全身性エリテマトーデス ,  自然淘汰 ,  近視 ,  データベース ,  電力 ,  相互作用 ,  遺伝子頻度 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *マイナ ,  不均衡 ,  中性 ,  計算機利用 ,  利用 ,  集団遺伝

著者キーワード (5件)： GWASS ,  複雑な疾患 ,  小対立遺伝子 ,  リスク対立遺伝子 ,  負の自然淘汰

分類 (3件)： 代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J) ,  データ保護  (JD01020V) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (21件)：

• Nucleic Acids Res; The NHGRI GWAS catalog, a curated resource of SNP-trait associations; D Welter, J MacArthur, J Morales, T Burdett, P Hall, H Junkins; 42D; 2014; 1001-1006; 10.1093/nar/gkt1229; citation_id=CR1
• PLoS One; Non-synonymous and synonymous coding SNPs show similar likelihood and effect size of human disease association; R Chen, EV Davydov, M Sirota, AJ Butte; 5; 2010; e13574; 10.1371/journal.pone.0013574; citation_id=CR2
• Nat Rev Genet.; Rare and common variants: twenty arguments; G Gibson; 13; 2012; 135-145; 10.1038/nrg3118; citation_id=CR3
• Nature; Finding the missing heritability of complex diseases; TA Manolio, FS Collins, NJ Cox, DB Goldstein, LA Hindorff, DJ Hunter; 461; 2009; 747-753; 10.1038/nature08494; citation_id=CR4
• PLoS Genet; Allelic spectra of risk SNPs are different for environment/lifestyle dependent versus independent diseases; IP Gorlov, OY Gorlova, C Amos; 11; 2015; e1005371; 10.1371/journal.pgen.1005371; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： マイナー ,  対立遺伝子 ,  リスク