特許
J-GLOBAL ID：201903019508323480

胎児の遺伝子状態を判定する方法

発明者：
大内 彩

大内 彩 について

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辻本 尭之

辻本 尭之 について

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長瀬 雅也

長瀬 雅也 について

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石井 靖幸

石井 靖幸 について


出願人/特許権者：
富士フイルム株式会社

富士フイルム株式会社 について


代理人 (4件)： 渡辺 望稔 ,  三和 晴子 ,  伊東 秀明 ,  三橋 史生
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2017-510122
特許番号：特許第6502477号
出願日： 2016年03月30日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 胎児の染色体の数的異常である遺伝子状態を判定する方法であって、 ヒトゲノム上の領域から、前記遺伝子状態を判定するための13番染色体、18番染色体、および21番染色体から選択される1つ以上の染色体上の目的領域を選択する目的領域選択工程と、 母体血試料から単一細胞を単離する単一細胞単離工程と、 前記単一細胞からゲノムDNAを抽出するゲノムDNA抽出工程と、 前記単一細胞から抽出したゲノムDNAを鋳型として、前記目的領域をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅するように設計されたプライマーセットを用いて、前記目的領域をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅するポリメラーゼ連鎖反応による増幅工程と、 前記目的領域のポリメラーゼ連鎖反応による増幅産物のDNA塩基配列を解読し、胎児由来の増幅産物の配列リード数と母親由来の増幅産物の配列リード数の比を求め、前記比があらかじめ決定したカットオフ値以上であれば胎児に染色体の数的異常があると判定するDNAシークエンシング工程と、 を備え、 ここで、前記目的領域選択工程は、前記単一細胞単離工程および前記ゲノムDNA抽出工程の両工程の前もしくは後に、または前記単一細胞単離工程および前記ゲノムDNA抽出工程の両工程と並行して行われ、 前記目的領域をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅するように設計されたプライマーセットは、 前記目的領域からポリメラーゼ連鎖反応に供するプライマーセットを設計する標的領域を選択する標的領域選択工程と、 前記標的領域を増幅するためのプライマー候補の塩基配列を、ゲノム上における前記標的領域の両端のそれぞれの近傍領域の塩基配列に基づいて、それぞれ、少なくとも1つずつ作成するプライマー候補塩基配列作成工程と、 前記プライマー候補の塩基配列について、比較する部分配列が前記プライマー候補の塩基配列の3’末端を含むという条件の下に、ペアワイズにローカルアラインメントを行って、アラインメントのスコアを求めるローカルアラインメント工程と、 前記ローカルアラインメント工程において求めたアラインメントのスコアに基づいて、前記プライマー候補の塩基配列の第1段階の選抜を行う第1段階選抜工程と、 前記プライマー候補の塩基配列の3’末端を含む、予め設定した配列長の塩基配列について、ペアワイズにグローバルアラインメントを行って、アラインメントのスコアを求めるグローバルアラインメント工程と、 前記グローバルアラインメント工程において求めたアラインメントのスコアに基づいて、前記プライマー候補の塩基配列の第2段階の選抜を行う第2段階選抜工程と、 前記第1段階選抜工程および前記第2段階選抜工程のいずれにおいても選抜されたプライマー候補の塩基配列を、前記標的領域を増幅するためのプライマーの塩基配列として採用するプライマー採用工程と、 を備え、 ここで、前記ローカルアラインメント工程および前記第1段階選抜工程の両工程は、前記グローバルアラインメント工程および前記第2段階選抜工程の両工程よりも前もしくは後に、または前記グローバルアラインメント工程および前記第2段階選抜工程の両工程と並行して行われる、ポリメラーゼ連鎖反応に供するプライマーセットの設計方法 によって設計される、胎児の遺伝子状態を判定する方法。
IPC (2件)：
C12Q 1/686 ( 201 8.01) ,  C12N 15/09 ( 200 6.01)
FI (2件)：
C12Q 1/686 ZNA Z ,  C12N 15/09 Z
引用特許：
出願人引用 (2件) 審査官引用 (2件)
引用文献：
出願人引用 (4件)
  • PLOS ONE, 2013, 8(1), e54236
  • Clinical Chemistry, 2002, 48(12), pp2115-2123
  • The Lancet, 2003, vol361, pp1013-1014
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審査官引用 (4件)
  • PLOS ONE, 2013, 8(1), e54236
  • Clinical Chemistry, 2002, 48(12), pp2115-2123
  • The Lancet, 2003, vol361, pp1013-1014
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