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J-GLOBAL ID：202002226441482406   整理番号：20A1482775

ベトナムの水環境から分離したbla OXA-48様遺伝子を持つShewanella xiamenensis株の全ゲノム配列決定と比較ゲノム解析【JST・京大機械翻訳】

Whole-genome sequencing and comparative genomic analysis of Shewanella xiamenensis strains carrying bla _OXA-48-like genes isolated from a water environment in Vietnam

著者 (12件)： Nguyen Nga Thi (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Takemura Taichiro (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Pham Anh Hong Quynh (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Tran Hien Thi (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Vu Kim Chi Thi (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Tu Nguyen Dong (Bacteriology Department, National Institute of Hygiene and Epidemiology, Hanoi, Viet Nam) ,  Huong Le Thanh (Bacteriology Department, National Institute of Hygiene and Epidemiology, Hanoi, Viet Nam) ,  Cuong Ngo Tuan (Bacteriology Department, National Institute of Hygiene and Epidemiology, Hanoi, Viet Nam) ,  Kasuga Ikuro (Department of Urban Engineering, Graduate School of Engineering, The University of Tokyo, Tokyo, Japan) ,  Kasuga Ikuro (Vietnam-Japan University, Vietnam National University, Hanoi, Viet Nam) ,  Hasebe Futoshi (Vietnam Research Station, Center for Infectious Disease Research in Asia and Africa, Institute of Tropical Medicine, Nagasaki University, Nagasaki, Japan) ,  Suzuki Masato (AMR Research Center, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan)
資料名： Journal of Global Antimicrobial Resistance  (Journal of Global Antimicrobial Resistance)
巻： 21  ページ： 272-274  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3403A  ISSN： 2213-7165  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究の目的は,抗微生物耐性遺伝子(ARGs)の自然細菌宿主と,後天性ARGsの進化,広がりおよび陽性選択のプロセスに及ぼす影響を理解することであった。ベトナムにおける環境カルバペネム耐性グラム陰性菌を,1つの健康アプローチに基づいてスクリーニングした。全ゲノム配列決定(WGS)および分離株の比較ゲノム分析を行った。3つのカルバペネム耐性Shewanella xiamenensis株(SxND_W2_2018,SxND_W5_2018およびSxND_W9_2018)のWGSを,ベトナム,Nghia Hung地区,Truc Ninh地区およびNghia Hung地区において,Illumina MiniSeqシステムを用いて実施した。ドラフトゲノム配列のARGsをResFinderを用いて検出し,ゲノム領域の比較をBLASTnとEasyfigを用いて行った。SxND_W2_2018,SxND_W5_2018およびSxND_W9_2018の染色体コンティグにおいて,bla_OXA-48様カルバペネム-加水分解クラスDβ-ラクタマーゼ遺伝子bla_OXA-48,bla_OXA-252およびbla_OXA-547を検出した。10kb上流と10kb下流の両方を含むbla_OXA-48様遺伝子の周囲の領域の比較分析は,ゲノム領域が3つの分離株全てで高度に保存されていることを示した。本研究はベトナムの水環境から分離したカルバペネム耐性S.xiamenensis株のドラフトゲノム配列を分析した。すべての菌株は,それらの染色体においてbla_OXA-48様遺伝子変異体を持っていた。この情報は,ベトナムの環境における重要なARGsの自然貯留層としてのS.xiamenensisの性質および重要性におけるbla_OXA-48ファミリーカルバペネマーゼ遺伝子の進化を強調するのに寄与するであろう。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細菌 ,  加水分解 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  抗微生物作用 ,  グラム陰性菌 ,  *ゲノム ,  *水環境 ,  *ゲノム配列 ,  コンティグ ,  耐性遺伝子 ,  *比較ゲノミクス ,  分離株 ,  *シェワネラ属 ,  微生物 ,  カルボン酸 ,  ラクタム
準シソーラス用語： *Shewanella , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： カルバペネム ,  bla OXA-48 ,  Shewanella ,  水環境 ,  ベトナム

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

物質索引 (1件)： カルバペネム

タイトルに関連する用語 (8件)： ベトナム ,  水環境 ,  遺伝子 ,  Shewanella ,  株 ,  ゲノム配列 ,  比較ゲノム ,  解析