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J-GLOBAL ID：202002230793169316   整理番号：20A2285384

ヒト腸内病原体Clostridioides difficileにおけるシグマ因子へのゲノムワイド転写開始部位マッピングとプロモーター帰属【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Transcription Start Site Mapping and Promoter Assignments to a Sigma Factor in the Human Enteropathogen Clostridioides difficile

著者 (13件)： Soutourina Olga (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Soutourina Olga (Institut Universitaire de France, Paris, France) ,  Soutourina Olga (Universite Paris-Saclay, CEA, CNRS, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Gif-sur-Yvette, France) ,  Dubois Thomas (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Monot Marc (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Shelyakin Pavel V. (Institute for Information Transmission Problems, Moscow, Russia) ,  Saujet Laure (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Boudry Pierre (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Gelfand Mikhail S. (Institute for Information Transmission Problems, Moscow, Russia) ,  Gelfand Mikhail S. (Skolkovo Institute of Science and Technology, Moscow, Russia) ,  Dupuy Bruno (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Martin-Verstraete Isabelle (Laboratoire Pathogeneses des Bacteries Anaerobies, Institut Pasteur, UMR CNRS 2001, Universite de Paris, Paris, France) ,  Martin-Verstraete Isabelle (Institut Universitaire de France, Paris, France)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 1939  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新生ヒト腸病原体Clostridioides difficileは,抗生物療法に関連する下痢の主な原因である。適応応答の根底にある調節経路は,研究中に残っており,C.difficileプロモーター構造の全体的見解はまだ欠けている。C.difficile 630のゲノムにおいて,シグマ因子をコードする22の遺伝子が存在し,この細菌における転写の複雑なパターンを示唆した。ここでは,転写開始部位(TSS),プロモーターモチーフおよびオペロン構造の同定から生じるC.difficileゲノムの最初の転写マップを示した。5′末端RNA-seqアプローチにより,遺伝子の1000以上のTSS上流をマッピングした。これらの一次TSSに加えて,この分析は,代替及び内部プロモーター,潜在的RNAプロセシング事象及び5′非翻訳領域のような転写単位の複雑な構造を明らかにした。以前に発表されたコンセンサス配列とトランスクリプトーム解析の入力として使われるin silico反復戦略に従い,蛋白質コードと非コードRNA遺伝子のほとんど上流の候補プロモーターを同定した。この戦略は,C.difficileの主要なシグマ因子により認識されたプロモーターのコンセンサス配列も精密化した。詳細な分析は,病原性遺伝子座と調節遺伝子における転写,ならびに,毒素遺伝子発現と胞子形成を支配するC.difficile調節ネットワークの重要な成分としての移行期と胞子形成シグマ因子のレギュロンに焦点を当てる。C.difficileの主要なシグマ因子のまだ特性化されていないレギュロンの中で,著者らはトランスクリプトームとin silico分析を結合することによってSigLレギュロンを定義した。著者らは,SigLレギュロンがC.difficile腸コロニー形成に重要な代謝であるアミノ酸分解に大きく関与することを示した。最後に,著者らのTSSマッピング,プロモーターとRNA-seqデータのin silico同定を組み合わせて,遺伝子アノテーションを改善し,C.difficileにおけるオペロン組織化を示唆した。これらのデータは,C.difficileにおける遺伝子発現を制御する全体的調節回路の知識をかなり改善し,特異的遺伝子の詳細な分析とシステム生物学研究の両方のための科学的コミュニティのための有用な豊富な資源として役立つであろう。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細菌 ,  アミノ酸 ,  遺伝子 ,  オペロン ,  タンパク質 ,  ヒト ,  *ゲノム ,  *プロモーター領域 ,  *病原体 ,  レギュロン ,  遺伝子発現 ,  *σ因子 ,  アノテーション ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： in silico , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 転写開始 ,  転写単位アーキテクチャ ,  シグマ因子 ,  シグマ54 ,  アミノ酸異化

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

引用文献 (93件)：

• Abt M. C., Mckenney P. T., Pamer E. G. (2016). Clostridium difficile colitis: pathogenesis and host defence. Nat. Rev. Microbiol. 14 609-620. doi: 10.1038/nrmicro.2016.108
• Amman F., Wolfinger M. T., Lorenz R., Hofacker I. L., Stadler P. F., Findeiss S. (2014). TSSAR: TSS annotation regime for dRNA-seq data. BMC Bioinform. 15:89. doi: 10.1186/1471-2105-15-89
• Andre G., Even S., Putzer H., Burguiere P., Croux C., Danchin A., et al (2008). S-box and T-box riboswitches and antisense RNA control a sulfur metabolic operon of Clostridium acetobutylicum. Nucleic Acids Res. 36 5955-5969. doi: 10.1093/nar/gkn601
• Anjuwon-Foster B. R., Tamayo R. (2017). A genetic switch controls the production of flagella and toxins in Clostridium difficile. PLoS Genet. 13:e1006701. doi: 10.1371/journal.pgen.1006701
• Antunes A., Camiade E., Monot M., Courtois E., Barbut F., Sernova N. V., et al (2012). Global transcriptional control by glucose and carbon regulator CcpA in Clostridium difficile. Nucleic Acids Res. 40 10701-10718. doi: 10.1093/nar/gks864

タイトルに関連する用語 (8件)： ヒト ,  腸 ,  病原体 ,  シグマ因子 ,  ゲノム ,  転写開始部位 ,  マッピング ,  プロモーター