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J-GLOBAL ID：202002275702537916   整理番号：20A2567609

増強立体配座サンプリングにより解明されたリン酸化ペプチドと14-3蛋白質の分子相互作用機構【JST・京大機械翻訳】

Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling

著者 (11件)： Higo Junichi (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, Hyogo, Japan) ,  Kawabata Takeshi (Institute for Protein Research, Osaka University, Osaka, Japan) ,  Kusaka Ayumi (Institute for Protein Research, Osaka University, Osaka, Japan) ,  Kasahara Kota (College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Shiga, Japan) ,  Kamiya Narutoshi (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, Hyogo, Japan) ,  Fukuda Ikuo (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, Hyogo, Japan) ,  Mori Kentaro (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, Hyogo, Japan) ,  Mori Kentaro (Maizuru College, Kyoto, Japan) ,  Hata Yutaka (Graduate School of Simulation Studies, University of Hyogo, Hyogo, Japan) ,  Fukunishi Yoshifumi (Cellular and Molecular Biotechnology Research Institute, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Tokyo, Japan) ,  Nakamura Haruki (Institute for Protein Research, Osaka University, Osaka, Japan)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 60  号： 10  ページ： 4867-4880  発行年： 2020年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 増強立体配座サンプリング,遺伝子-アルゴリズム誘導多次元仮想システム結合分子動力学は,受容体蛋白質および柔軟なリガンドの室温での平衡立体配座分布を提供する。分布は,最も安定なだけでなく,半安定性の複合体構造も提供し,リガンド-受容体結合過程を提案した。この方法を,受容体蛋白質14-3εと柔軟なペプチド,リン酸化骨髄性白血病因子1(pMLF1)から成る系に適用した。結果はpMLF1の14-3εへの包括的結合経路を示した。14-3ε表面上のMLF1の4つの熱力学的に安定なクラスタといくつかのクラスタ間の自由エネルギー障壁を同定した。最も安定したクラスタは狭い回廊によって接続された2つの高密度スポットを含む。pMLF1が回廊を通過するとき,pMLF1のリン酸化残基に関連する塩橋リレー(スイッチング)が発生する。1つの高密度スポットにおける立体配座は,実験的に決定された複雑な構造に類似している。分子間界面での残基の3次元分布は,残基に対するアラニン変異実験から生じる結合定数変化を合理的に説明する。また,非リン酸化ペプチドと14-3εのシミュレーションも行い,複合体構造が不安定であり,ペプチドのリン酸化が14-3εへの結合に重要であることを示唆した。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  アルゴリズム ,  界面 ,  *分子間相互作用 ,  *立体配座 ,  *ペプチド ,  *タンパク質 ,  *リン酸化 ,  複合体 ,  クラスタ ,  廊下 ,  高次元 ,  分子動力学 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

物質索引 (1件)： アラニン

タイトルに関連する用語 (6件)： 増強 ,  立体配座 ,  サンプリング ,  リン酸化ペプチド ,  蛋白質 ,  分子相互作用