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J-GLOBAL ID：202002292023185626   整理番号：20A0543924

異なるAHLクオラムセンシングにおける活性部位とリガンドの計算予測【JST・京大機械翻訳】

Computational prediction of active sites and ligands in different AHL quorum quenching lactonases and acylases

著者 (8件)： Nain Zulkar (Department of Biotechnology and Genetic Engineering, Faculty of Biological Sciences, Islamic University, Kushtia, Bangladesh) ,  Adhikari Utpal Kumar (School of Medicine, Western Sydney University, Campbelltown, NSW, Australia) ,  Abdulla Faruq (Department of Statistics, Faculty of Science, Islamic University, Kushtia, Bangladesh) ,  Hossain Nahid (Department of Biotechnology and Genetic Engineering, Faculty of Biological Sciences, Islamic University, Kushtia, Bangladesh) ,  Barman Nirmal Chandra (Department of Biotechnology and Genetic Engineering, Faculty of Biological Sciences, Islamic University, Kushtia, Bangladesh) ,  Mansur Fariha Jasin (Department of Biological Chemistry, Faculty of Agriculture, Yamaguchi University, Yamaguchi, Japan) ,  Azakami Hiroyuki (Department of Biological Chemistry, Faculty of Agriculture, Yamaguchi University, Yamaguchi, Japan) ,  Karim Mohammad Minnatul (Department of Biotechnology and Genetic Engineering, Faculty of Biological Sciences, Islamic University, Kushtia, Bangladesh)
資料名： Journal of Biosciences  (Journal of Biosciences)
巻： 45  号： 1  ページ： 26  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0652A  ISSN： 0250-5991  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多剤耐性の「スーパーブッグ」の出現により,従来の処理はobsoleteになる。クオラムクエンチング(QQ),クオラムセンシング(QS)の酵素依存性変化は,成長阻害と抗生物質耐性を生じることなく,病原性遺伝子発現を妨げる可能性のために,現在有望な抗菌療法と考えられている。著者らの研究において,2つの主要なQQ酵素群(すなわち,AHLラクトナーゼおよびAHLアシルアーゼ)を,それらの構造的および機能的側面の観点から比較することを意図した。アミノ酸組成に基づく主成分分析(PCA)により,酵素の2つのグループとラクトナーゼ酵素の間に構造的及び機能的重複がないことが示唆されたが,アシルアーゼは機能的に影響を受ける可能性があった。細胞内局在化分析において,ほとんどのラクタナーゼは細胞質であり,一方,アシルアーゼはペリプラズムであることを見出した。二次構造特性に関する研究は,ランダムコイルが全ての評価酵素においてα-ヘリックス及びβシートを支配することを示した。構造比較のために,選択した蛋白質の三次構造をモデル化し,PMDBデータベース(登録ID:PM0081007からPM0081018)に提出した。興味深いことに,配列アラインメントは両蛋白質グループにおける機能に重要ないくつかの保存ドメインの存在を明らかにした。加えて,3つのアミノ酸残基,すなわちアスパラギン酸,ヒスチジンおよびイソロイシンは,すべての蛋白質モデルの活性部位で一般的であったが,最も頻繁なリガンドは3C7,FEOおよびPACであることが分かった。重要なことに,予測リガンドの結合相互作用は天然QSシグナル分子のそれと類似していた。さらに,水素結合分析は,6つの蛋白質が他より安定であることを示唆した。この比較研究の知識はQSに基づく普遍的抗菌戦略の開発におけるさらなる研究に有用であると信じる。Copyright Indian Academy of Sciences 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ペリプラズム ,  データベース ,  β構造 ,  成長阻害 ,  酵素 ,  多剤耐性 ,  水素結合 ,  三次構造 ,  タンパク質 ,  遺伝子発現 ,  アミノ酸組成 ,  相互作用 ,  アミノ酸残基 ,  *活性部位 ,  主成分分析

著者キーワード (6件)： クオラムクエンチング ,  クオラムセンシング ,  アシルホモセリンラクトン ,  AHLラクトナーゼ ,  AHLアシラーゼ ,  主成分分析

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分化,増殖,成長,生殖  (EG03055B)

タイトルに関連する用語 (5件)： クオラムセンシング ,  活性部位 ,  リガンド ,  計算 ,  予測