複雑なゲノムJigsawパズルを解くDNA配列決定技術における進歩:Candida tropicalisのアグルチニン様配列(ALS)遺伝子【JST・京大機械翻訳】

Oh Soon-Hwan; Isenhower Allyson; Rodriguez-Bobadilla Rubi; Smith Brooke; Jones Jillian; Hubka Vit; Hubka Vit; Fields Christopher; Hernandez Alvaro; Hoyer Lois L.

文献

J-GLOBAL ID：202102238921399833 整理番号：21A0384589

複雑なゲノムJigsawパズルを解くDNA配列決定技術における進歩:Candida tropicalisのアグルチニン様配列(ALS)遺伝子【JST・京大機械翻訳】

Pursuing Advances in DNA Sequencing Technology to Solve a Complex Genomic Jigsaw Puzzle: The Agglutinin-Like Sequence (ALS) Genes of Candida tropicalis

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=21A0384589&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=21A0384589&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=U7080A") }}

著者 (10件)： , , , , , , , , ,
資料名：
巻： 11 ページ： 594531 発行年： 2020年
JST資料番号： U7080A ISSN： 1664-302X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

凝集素様配列(ALS)遺伝子ファミリーは,宿主および非生物的表面と相互作用する細胞表面アドヘシンをコードし,Candida tropicalisのような日和見真菌病原体によるコロニー形成を促進する。C.tropicalis接着に対するAls蛋白質の寄与の研究は,ALS遺伝子配列の正確なカタログと,相対的な遺伝子発現レベルへの洞察から利益を得る。ゲノム時代においても,この情報は,高保存,反復DNA配列,および異なる染色体位置に多くの類似のALS遺伝子が存在するため,ゲノム集合はしばしばALS遺伝子内で破壊される。ここでは,C.tropicalis ALS遺伝子座の特性化を容易にするため,長リードDNA配列決定技術の利点を述べた。C.tropicalis株MYA-3404の13のALS遺伝子座を,Illumina MiSeqとOxford Nanopore MinIONデータから構築したゲノムアセンブリから推論した。MinIONデータは貴重であったが,ALS遺伝子座のPCR増幅とサンガー配列決定は,遺伝子配列を完了し,検証するためにまだ必要であった。各予測Als蛋白質はN末端結合ドメイン,タンデム反復配列の中心ドメイン及びSer及びThrに富むC末端ドメインを特徴とした。グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)アンカーの付加のための分泌シグナルペプチドとコンセンサス配列の存在は,細胞表面への予測蛋白質局在化と一致した。TaqManアッセイを,分岐CtrALS3882遺伝子座における両対立遺伝子と同様に各ALS遺伝子を認識するように設計した。5つの異なるin vitro条件で増殖したC.tropicalis細胞は種々のALS遺伝子の差次的発現を示した。C.tropicalisデータをより大きな状況に置くため,TaqManアッセイも設計し,Candida albicansおよびCandida dubliniensisにおけるALS遺伝子発現の分析のために検証した。これらの比較は,最も豊富な細胞-表面存在で蛋白質をコード化すると予測される高度に発現したC.tropicalis ALS遺伝子のサブセットを同定し,その後の機能分析にそれらを優先させた。ここで提示したデータは,C.tropicalisの接着と病因に対するALSファミリーの寄与を推論するための将来の実験のための堅固な基礎を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , ,
, , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： , , , ,

遺伝子の構造と化学

引用文献 (46件)：

BolgerA. M.LohseM.UsadelB. (2014). Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30 2114-2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170 24695404
ButlerG.RasmussenM. D.LinM. F.SantosM. A. S.SakthikumarS.MunroC. A. (2009). Evolution of pathogenicity and sexual reproduction in eight Candida genomes. Nature 459 657-662. doi: 10.1038/nature08064 19465905
CastresanaJ. (2000). Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. Mol. Biol. Evol. 17 540-542. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026334 10742046
ColemanD. A.OhS.-H.Manfra-MarettaS. L.HoyerL. L. (2012). A monoclonal antibody specific for Candida albicans Als4 demonstrates overlapping localization of Als family proteins on the fungal cell surface and highlights differences between Als localization in vitro and in vivo. FEMS Immunol. Med. Micobiol. 64 321-333. doi: 10.1111/j.1574-695X.2011.00914.x 22106872
ColemanD. A.OhS.-H.ZhaoX.HoyerL. L. (2010). Heterogeneous distribution of Candida albicans cell-surface antigens demonstrated with an Als1-specific monoclonal antibody. Microbiology 156 3645-3659. doi: 10.1099/mic.0.043851-0 20705663

, , , , , ,

前のページに戻る