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J-GLOBAL ID：202102250947773562   整理番号：21A0291272

全ゲノムナノポア配列決定を用いたStreptococcus pneumoniaeの迅速同定,きょう膜タイピングおよび分子特性化【JST・京大機械翻訳】

Rapid identification, capsular typing and molecular characterization of Streptococcus pneumoniae by using whole genome nanopore sequencing

著者 (9件)： Garcia-Garcia S. (Institut de Recerca Sant Joan de Deu, Hospital Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain) ,  Perez-Arguello A. (Institut de Recerca Sant Joan de Deu, Hospital Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain) ,  Henares D. (Institut de Recerca Sant Joan de Deu, Hospital Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain) ,  Henares D. (CIBER de Epidemiologia y Salud Publica (CIBERESP), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain) ,  Timoneda N. (Institut de Recerca Sant Joan de Deu, Hospital Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain) ,  Timoneda N. (CIBER de Epidemiologia y Salud Publica (CIBERESP), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain) ,  Munoz-Almagro C. (Institut de Recerca Sant Joan de Deu, Hospital Sant Joan de Deu, Barcelona, Spain) ,  Munoz-Almagro C. (CIBER de Epidemiologia y Salud Publica (CIBERESP), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain) ,  Munoz-Almagro C. (Departament de Medicina, Universitat Internacional de Catalunya, Barcelona, Spain)
資料名： BMC Microbiology (Web)  (BMC Microbiology (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-6  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7367A  ISSN： 1471-2180  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全ゲノム配列決定は病原体の同定と分子特性化のための有用なツールとして出現した。MinION(Oxford Nanopore)は,全ゲノム配列決定のための魅力的なデバイスであるデータ生産において,その携帯性,可給性,および速度を与えるリアルタイム第三世代シーケンサーである。本研究の目的は,小児病院において分離されたStreptococcus pneumoniaeの病原体同定および分子特性化のためのMinIONシーケンサーを評価することであった。以前に標準法(Quelung反応,多重PCRおよびSanger-MLST)によって特性化された32のStreptococcus pneumoniae侵襲性分離株の全ゲノム配列決定を行った。DNAをZymoBIOMICS DNA Microprepキットを用いて抽出した。DNAの定量と純度は,それぞれQubitとNanodropによって評価した。迅速バーコーディングキットを用いて,図書館作成を行った。リアルタイムワークフローEPI2MEプラットフォーム「What」を種同定に用いた。高速5配列をAlbacoreソフトウェアによってFASTQに変換した。ReadsはCANUソフトウェアを用いて組み立てた。病原体Watch,ゲノム疫学およびpubmlstオンラインツールを,カプセルタイピングおよび/または全ゲノムMLSTプロファイルに用いた。Streptococcus pneumoniaeの迅速同定は「What」によって達成された。カプセルタイピングは,血清型レベルですべての32の分離株と血清型レベルで24のPathogenWatchによって正しく割り当てられた。ゲノム疫学およびpubmlstによって得られた全ゲノムMLSTの結果は,31の分離株においてSanger-MLSTによって得られた二重遺伝子座変異体クローン複合体と一致した。MinIONシーケンサーは,疫学的目的のためのポケットサイズのデバイスによってWGSを実行するための迅速,費用対効果および有望な経路を提供するが,その配列決定精度を改善することは,臨床微生物学研究所での使用をより魅力的にするであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  *莢膜 ,  *ゲノム ,  多重化 ,  複合体 ,  *連鎖球菌属 ,  *肺炎球菌 ,  ソフトウェア ,  病原体 ,  クローン ,  疫学 ,  血清型
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  多座位配列タイピング ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 全ゲノム配列決定 ,  ミニオン ,  カプセルタイピング ,  Wg-MLST ,  Streptococcus pneumoniae

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (19件)：

• World Health Organization (WHO). Weekly epidemiological record. WHO. 2007. Available from:http://www.who.int/wer/2007/wer8212.pdf?ua=1.
• Lancet Glob Heal; Burden of Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae type b disease in children in the era of conjugate vaccines: global, regional, and national estimates for 2000-15; B Wahl, KL O’Brien, A Greenbaum, A Majumder, L Liu, Y Chu; 6; 2018; e744-e757; 10.1016/S2214-109X(18)30247-X; citation_id=CR2
• Electron Physician; Molecular epidemiology of infectious diseases; S Eybpoosh, AA Haghdoost, E Mostafavi, A Bahrampour, K Azadmanesh, F Zolala; 9; 2017; 5149-5158; 10.19082/5149; citation_id=CR3
• Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, thePubMLST.orgwebsite and their applications. Wellcome Open Res 2018;3:1-20.
• MBio.; A new pneumococcal capsule type, 10D, is the 100th serotype and has a large cps fragment from an oral streptococcus; F Ganaie, JS Saad, L McGee, AJ Tonder, SD Bentley, SW Lo; 11; 2020; 1-15; 10.1128/mBio.00937-20; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： ゲノム ,  ナノポア ,  Streptococcus ,  同定 ,  きょう膜 ,  タイピング ,  分子特性