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J-GLOBAL ID：202102265051371382   整理番号：21A0017728

組織の空間的組織化への迅速でロバストな洞察を可能にする空間トランスクリプトームライブラリ準備の自動化【JST・京大機械翻訳】

Automation of Spatial Transcriptomics library preparation to enable rapid and robust insights into spatial organization of tissues

著者 (8件)： Berglund Emelie (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden) ,  Saarenpaeae Sami (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden) ,  Jemt Anders (Science for Life Laboratory, Department of Microbiology, Tumor and Cell Biology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden) ,  Gruselius Joel (Science for Life Laboratory, Department of Biosciences and Nutrition, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden) ,  Larsson Ludvig (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden) ,  Bergenstrahle Ludvig (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden) ,  Lundeberg Joakim (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden) ,  Giacomello Stefania (Science for Life Laboratory, Department of Gene Technology, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health, KTH Royal Institute of Technology, Solna, Sweden)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-10  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 組織における遺伝子発現の空間分布を研究することは,急速に増加している。空間トランスクリプトームは,組織における細胞の分布,不均一性および共発現に関するハイスループット情報を生成する新しい配列決定に基づく技術である。残念なことに,高品質配列決定ライブラリーの手動調製は時間消費であり,手動ピペット中のヒューマンエラーによる技術的変動を受け,サンプル交換とバッチ効果の偶発的導入をもたらす。これら全ての因子は生物学的データセットの生産と解釈を複雑にする。Agilent Bravo自動化液体ハンドリングプラットフォームを空間トランスクリプトームワークフローに統合した。以前に報告されたMagnatrix8000+自動化プロトコルと比較して,この方法は,操作当たり処理した試料の数を増加させ,試料調製時間を35%短縮し,試料間のバッチ効果を最小化する。新しい方法は,調製試料間の技術的変動性から,非常に正確で,ほとんど完全にフリーであることを示した。Agilent Bravo自動化液体ハンドリングプラットフォームを用いた新しい自動空間トランスクリプトームプロトコルは,高品質空間トランスクリプトームライブラリーを迅速に生成する。研究所と施設におけるAgilent Bravo自動化液体ハンドリングプラットフォームの広い利用を考えると,これは多くの研究者がロバスト空間トランスクリプトームライブラリーを迅速に作成することを可能にする。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自動化 ,  RNA【核酸】 ,  空間分布 ,  ヒューマンエラー ,  試料調製 ,  不均一性 ,  *ロバスト性 ,  遺伝子発現 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： トランスクリプトーム解析 ,  ハイスループット ,  共発現 ,  高品質 ,  ピペット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 自動化 ,  RNA ,  空間トランスクリプトミクス

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (41件)：

• Nat Methods; Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq; A Mortazavi, BA Williams, K McCue, L Schaeffer, B Wold; 5; 2008; 621-628; 10.1038/nmeth.1226; citation_id=CR1
• Nat Methods; De novo assembly and analysis of RNA-seq data; G Robertson, J Schein, R Chiu, R Corbett, M Field, SD Jackman; 7; 2010; 909-912; 10.1038/nmeth.1517; citation_id=CR2
• Methods Mol Biol; Detection and quantification of alternative splicing variants using RNA-seq; DWJ Bryant, HD Priest, TC Mockler; 883; 2012; 97-110; 10.1007/978-1-61779-839-9_7; citation_id=CR3
• Nat Rev Genet; RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics; Z Wang, M Gerstein, M Snyder; 10; 2009; 57-63; 10.1038/nrg2484; citation_id=CR4
• Nat Methods; mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell; F Tang, C Barbacioru, Y Wang, E Nordman, C Lee, N Xu; 6; 2009; 377-382; 10.1038/nmeth.1315; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (8件)： 組織 ,  組織化 ,  迅速 ,  ロバスト ,  洞察 ,  トランスクリプトーム ,  ライブラリ ,  自動化