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J-GLOBAL ID：202102290499072849   整理番号：21A0293845

KVarPredDB:遺伝病と関連したケラチン遺伝子のミスセンス配列変異体の病原性を予測するためのデータベース【JST・京大機械翻訳】

KVarPredDB: a database for predicting pathogenicity of missense sequence variants of keratin genes associated with genodermatoses

著者 (21件)： Ying Yuyi (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Ying Yuyi (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Lu Lu (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Lu Lu (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Banerjee Santasree (Department of Genetics, College of Basic Medical Sciences, Jilin University, Changchun, China) ,  Xu Lizhen (Department of Basic Medical Sciences, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Zhao Qiang (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Zhao Qiang (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Wu Hao (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Wu Hao (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Li Ruiqi (Chu Kochen Honors College, Undergraduate School of Zhejiang University, Hangzhou, China) ,  Xu Xiao (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Xu Xiao (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Yu Hua (Department of Basic Medical Sciences, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Neculai Dante (Department of Basic Medical Sciences, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Xi Yongmei (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Xi Yongmei (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Yang Fan (Department of Basic Medical Sciences, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Qin Jiale (Department of Ultrasound, Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Li Chen (Department of Human Genetics, and Women’s Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China) ,  Li Chen (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Genetic & Developmental Disorders, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China)
資料名： Human Genomics (Web)  (Human Genomics (Web))
巻： 14  号： 1  ページ： 1-8  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7322A  ISSN： 1479-7364  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 10のケラチン遺伝子(K1,K2,K5,K6A,K6B,K9,K10,K14,K16,およびK17)の生殖細胞系変異体が,遺伝の常染色体優性モードを有する異なる型の遺伝皮症を引き起こすことが報告されている。”K1,K2,K5,K6A,K6B,K9,K10,K14,K16,およびK17]。これらの10のケラチン遺伝子のすべての変異体の中で,それらの大部分はミスセンス変異体である。病原性および病原性変異体とは異なり,新しいミスセンス変異体または不確かな意義(VUS)の変異体の臨床的重要性の理解は,臨床医または医学遺伝学者にとって最大の挑戦である。機能的特性化は,新規ミスセンス変異体またはVUSの臨床関連を理解するための唯一の方法であるが,時間がかかり,費用がかかり,患者の試料のアベイラビリティに依存する。既存のデータベースはケラチン遺伝子の病原性変異体を報告しているが,ケラチン蛋白質構造及び遺伝子型-表現型相関に及ぼすこれらの変異体の系統的影響を強調した。この必要性に取り組むために,著者らは包括的データベースKVarPredDBを開発したが,これは,遺伝病に関連する10のケラチン遺伝子の情報を含んでいる。400の報告された病原性ミスセンス変異体および4629のミスセンスVUSを統合および軽減した。KVarPredDBは新規ミスセンス変異体の病原性を予測し,4つの基準に基づいて疾患表現型の重症度を理解する。最初に,野生型と置換アミノ酸の間の物理化学的特性の違い;第二に,鎖間/鎖間相互作用の損失;第3に,野生型アミノ酸の進化的保存と最後に,ヘプタド反復における置換アミノ酸の影響。分解結晶構造に基づく分子ドッキングシミュレーションを採用して,安定性変化を予測し,結合エネルギーを得て,野生型蛋白質を変異型と比較した。この基本的情報を用いて,ケラチンコイルドコイルヘテロ二量体に及ぼす新規ミスセンス変異体の構造的および機能的影響を決定した。KVarPredDBは,統合Webアプリケーション開発フレームワークSSM(SpringBoot,Spring MVC,MyBatis)の下で構築され,Java,ブートストラップ,React-突然変異マップ,MySQL,Tomcatに実装された。ウェブサイトはhttp://bioinfo.zju.edu.cn/KVarPredDBを通してアクセスできる。ゲノム変異体と分析結果は,Creative Comonsライセンスの下で自由に利用可能である。KVarPredDBは,遺伝性のケラチン遺伝子の各ミスセンス変異体に対するコンピュータ解析調査と直感的かつユーザフレンドリーなインターフェースを提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結晶構造 ,  相互作用 ,  *データベース ,  アミノ酸 ,  *遺伝 ,  *遺伝子 ,  *遺伝病 ,  *ケラチン ,  表現型 ,  アベイラビリティ ,  *病原性 ,  優性 ,  常染色体 ,  野生型 ,  ミスセンス突然変異

著者キーワード (6件)： ケラチン遺伝子 ,  Gen皮症 ,  病原性 ,  ミスセンス変異体 ,  新しい変異体 ,  データベース

分類 (1件)： 遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (31件)：

• Ultramicroscopy.; Single cell mechanics of keratinocyte cells; V Lulevich, HY Yang, RR Isseroff, GY Liu; 110; 12; 2010; 1435-1442; 10.1016/j.ultramic.2010.07.009; citation_id=CR1
• Nat Rev Mol Cell Biol.; Deconstructing the skin: cytoarchitectural determinants of epidermal morphogenesis; CL Simpson, DM Patel, KJ Green; 12; 9; 2011; 565-580; 10.1038/nrm3175; citation_id=CR2
• J Clin Invest.; “IF-pathies”: a broad spectrum of intermediate filament-associated diseases; MB Omary; 119; 7; 2009; 1756-1762; 10.1172/JCI39894; citation_id=CR3
• Bioessays.; Intermediate filament dynamics: what we can see now and why it matters; A Robert, C Hookway, VI Gelfand; 38; 3; 2016; 232-243; 10.1002/bies.201500142; citation_id=CR4
• J Invest Dermatol.; The X-ray crystal structure of the keratin 1-keratin 10 helix 2B heterodimer reveals molecular surface properties and biochemical insights into human skin disease; CG Bunick, LM Milstone; 137; 1; 2017; 142-150; 10.1016/j.jid.2016.08.018; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝 ,  ケラチン ,  遺伝子 ,  変異体 ,  病原性 ,  予測 ,  データベース