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J-GLOBAL ID：202102290980538603   整理番号：21A0289253

結腸腺癌に対する代替スプライシング事象の包括的解析による予後予測因子の構築【JST・京大機械翻訳】

Construction of prognostic predictor by comprehensive analyzing alternative splicing events for colon adenocarcinoma

著者 (4件)： Qu Yaqi (Department of General Surgery, Shaanxi Provincial People’s Hospital, Xi’an, China) ,  Chen Yujia (School of Basic Medical Sciences, Hebei Medical University, Shijiazhuang, China) ,  Zhang Le (Department of Function, Shaanxi Provincial People’s Hospital, Xi’an, China) ,  Tian Lifei (Department of General Surgery, Shaanxi Provincial People’s Hospital, Xi’an, China)
資料名： World Journal of Surgical Oncology (Web)  (World Journal of Surgical Oncology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7227A  ISSN： 1477-7819  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Colon腺癌(COAD)は,世界的に高い発生率と死亡率を有する最も一般的な悪性腫瘍の1つである。信頼できる予後バイオマーカーは,臨床診療を誘導するために必要である。各患者に対する選択的スプライシング(AS)プロファイルによる包括的遺伝子発現を,癌ゲノムアトラスからのSpliceSeqデータベースを用いてダウンロードした。Cox回帰分析を行い,予後ASイベントをスクリーニングした。Rパッケージリムマを用いて,COADコホートにおける正常および腫瘍サンプル間の差次的発現遺伝子(DEG)をスクリーニングした。Vennプロット分析をDEGと予後ASイベントの間で行い,予後ASイベント(DEGAS)と同時発生するDEGを同定した。蛋白質-蛋白質相互作用解析におけるトップ30の最も連結されたDEGASを,コックス比例ハザード回帰を通して同定し,予後モデルを確立した。全体で,350人の患者を本研究に含めた。全部で22451のAS事象が検出され,1439の遺伝子からの2004が生存期間と有意に関連していた。6455のDEGとこれらの1439の遺伝子の重複により,AS事象を有する211のDEGを同定した。蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークの構築後,トップ30ハブ遺伝子を多変量解析に含めた。最後に,全生存に関連する12の遺伝子に基づくリスクスコアを確立した(P<0.05)。曲線下面積は0.782であった。リスクスコアは独立した予測因子であった(P<0.001)。生存関連AS事象を調査することにより,12のDEGASから成る強力な予後予測因子を構築した。この研究は,COADに対する治療標的を提供し,将来の臨床診療を誘導する新しい方法を提案することを目的にした。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 回帰分析 ,  多変量解析 ,  データベース ,  ネットワーク ,  遺伝子 ,  死亡率 ,  腫瘍 ,  *予後 ,  母集団 ,  *腺癌 ,  *選択的スプライシング ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： 悪性腫瘍 ,  リスクスコア ,  *予測因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Colon腺癌 ,  選択的スプライシング ,  予後リスクスコア ,  差次的発現遺伝子

分類 (4件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  基礎腫よう学一般  (GE02010R) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (34件)：

• World J Surg Oncol.; The consumption of chili peppers and the risk of colorectal cancer: a matched case-control study; Y Yang, J Zhang, NS Weiss; 17; 1; 2019; 71; 10.1186/s12957-019-1615-7; citation_id=CR1
• Am J Transl Res.; Extracellular vesicles from human umbilical cord mesenchymal stem cells treated with siRNA against ELFN1-AS1 suppress colon adenocarcinoma proliferation and migration; L Dong, C Ding, T Zheng; 11; 11; 2019; 6989-6999; citation_id=CR2
• Am J Clin Oncol.; Trends in colorectal cancer incidence by anatomic site and disease stage in the United States from 1976 to 2005; L Cheng, C Eng, LZ Nieman, AS Kapadia, XL Du; 34; 6; 2011; 573-580; 10.1097/COC.0b013e3181fe41ed; citation_id=CR3
• Genes (Basel); Characterization of TTN Novex Splicing Variants across Species and the Role of RBM20 in Novex-Specific Exon Splicing; Z Chen, J Song, L Chen; 9; 2; 2018; 86; 10.3390/genes9020086; citation_id=CR4
• Chem Sci.; Highly sensitive and multiplexed quantification of mRNA splice variants by the direct ligation of DNA probes at the exon junction and universal PCR amplification; H Wang, H Wang; 8; 5; 2017; 3635-3640; 10.1039/C7SC00094D; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 結腸腺癌 ,  代替スプライシング ,  事象 ,  解析 ,  予後予測因子 ,  構築