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J-GLOBAL ID：202102292219084881   整理番号：21A1373450

アスパラギン残基の脱アミドの機構と活性化エネルギーに及ぼす主鎖立体配座の影響【JST・京大機械翻訳】

Mechanisms of Deamidation of Asparagine Residues and Effects of Main-Chain Conformation on Activation Energy

著者 (6件)： Kato Koichi (College of Pharmacy, Kinjo Gakuin University, 2-1723 Omori, Moriyama-ku, Nagoya, Aichi 463-8521, Japan) ,  Kato Koichi (Faculty of Pharmacy, Meijo University, 150 Yagotoyama, Tempaku-ku, Nagoya, Aichi 468-8503, Japan) ,  Nakayoshi Tomoki (Faculty of Pharmacy, Meijo University, 150 Yagotoyama, Tempaku-ku, Nagoya, Aichi 468-8503, Japan) ,  Kurimoto Eiji (Faculty of Pharmacy, Meijo University, 150 Yagotoyama, Tempaku-ku, Nagoya, Aichi 468-8503, Japan) ,  Oda Akifumi (Faculty of Pharmacy, Meijo University, 150 Yagotoyama, Tempaku-ku, Nagoya, Aichi 468-8503, Japan) ,  Oda Akifumi (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, Japan)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 19  ページ： 7035  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アスパラギン(Asn)残基の脱アミドは蛋白質の非酵素的翻訳後修飾である。Asn脱アミドは,年齢と関係した疾患の病因とモノクローナル抗体の機能不全と関係する。脱アミド速度は,カルボキシル側および二次構造によるAsn後の残留物により影響されることが知られている。Asn残基の主鎖立体配座に関する情報は脱アミド速度を正確に予測するのに必要である。本研究では,脱アミド速度に及ぼすAsn残基の主鎖立体配座の影響を,分子動力学(MD)シミュレーションと量子化学計算を用いて計算的に調べた。S-クリスタリンに対するMDシミュレーションの結果は,しばしば脱アミドしたAsn残基がN末端側に共通の主鎖立体配座を有することを示唆した。模擬構造に基づいて,量子化学計算のための初期構造を構築し,最適化形状をB3LYP密度汎関数理論を用いて得た。しばしば脱アミドされた構造は,小さな脱アミド構造のものより低い活性化エネルギー障壁を有した。また,リン酸二水素と重炭酸塩イオンがAsn残基の脱アミドのための重要な触媒であることを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *活性化エネルギー ,  最適化 ,  *立体配座 ,  計算機シミュレーション ,  酵素 ,  二次構造 ,  機能障害 ,  *脱アミド ,  分子動力学 ,  密度汎関数法 ,  モノクローナル抗体 ,  病因 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  カルボアミド ,  ジカルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *主鎖 ,  *残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 脱アミド ,  分子動力学シミュレーション ,  量子化学計算 ,  翻訳後修飾 ,  加齢関連疾患

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  その他の計算機利用技術  (JE14000C) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： アスパラギン

引用文献 (58件)：

• Geiger, T.; Clarke, S. Deamidation, isomerization, and racemization at asparaginyl and aspartyl residues in peptides. Succinimide-linked reactions that contribute to protein degradation. J. Biol. Chem. 1987, 262, 785-794.
• Paranandi, M.V.; Guzzetta, A.W.; Hancock, W.S.; Aswad, D.W. Deamidation and isoaspartate formation during in vitro aging of recombinant tissue plasminogen activator. J. Biol. Chem. 1994, 269, 243-253.
• Lindner, H.; Helliger, H. Age-dependent deamidation of asparagine residues in proteins. Exp. Gerontol. 2001, 36, 1551-1563.
• Robinson, N.E. Protein deamidation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 5283-5288.
• Robinson, N.E.; Robinson, A.B. Molecular Clocks: Deamidation of Asparaginyl and Glutaminyl Residues in Peptides and Proteins; Althouse Press: Cave Junction, OR, USA, 2004; pp. 19-237.

タイトルに関連する用語 (6件)： アスパラギン ,  残基 ,  脱アミド ,  活性化エネルギー ,  主鎖 ,  立体配座