DNAベースグローバル位置決めシステム-大規模空間ゲノミクスのための理論的フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Greenstreet, L.; Afanassiev, A.; Kijima, Y.; Heitz, M.; Ishiguro, S.; King, S.; Yachie, N.; Schiebinger, G.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202206087831274 整理番号：22P0318952

DNAベースグローバル位置決めシステム-大規模空間ゲノミクスのための理論的フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

The DNA-based global positioning system--a theoretical framework for large-scale spatial genomics

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発行年： 2022年04月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

大規模スケーラブルで光学フリーな空間トランスクリプトミクスを可能にする理論的フレームワークであるGPS-seqを提示した。GPS-seqは,光学顕微鏡なしで与えられた組織切片の空間トランスクリプトーム景観を得るために,マニフォールド学習によるハイスループット配列決定からのデータを結合した。この枠組みにおいて,Slide-seqおよび10X Visiumのような技術と同様に,組織試料をランダムに分布したDNA-バーコードスポット(またはビーズ)の表面にスタンプした。近位細胞のトランスクリプトーム配列はDNAバーコードに融合され,ハイスループット配列決定によるトランスクリプトミクスピクセル画像の回復を可能にする。バーコードスポットは空間的に拡散した「衛星」バーコードを捕獲する「アンカー」として役立ち,従って,光配列決定やバーコードを事前指定位置に堆積することなくスポット位置の計算再構成を可能にする。理論的に,単一Illumina NovaSeqランで108のDNAバーコード化画素を局在化することによって,10~20m分解能で100mmx100mm空間トランスクリプトミクス画像を生成することができた。GPS-seqの一般的なフレームワークは,標準単細胞(または単一核)捕獲法とも互換性があり,sci-ATAC-seqのような単一細胞ゲノムのどの様式も,この戦略で空間ゲノムに変換することができた。著者らは,GPS-seqが,初めて単一細胞解像度で複数のゲノム状態の器官規模のイメージングを可能にすることによって,生物学の多様な領域におけるブレークスルー発見を導くことを想像する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学

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