抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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ハイスループット配列決定技術の有用性により,食品微生物群集の構造と動力学の知識は,量子リープを作った。しかしながら,この知識は多数の論文に分散され,ハードデータは,QIITA,MGnify,および統合微生物次世代シークエンシングプラットフォームのような強力なオンラインデータベースとツールを通して部分的に利用可能であり,その注釈は食品のために最適化されていない。ここでは,食品及び食品環境の細菌微生物群集の組成のデータベースである食品Microbionetの4回反復を提示した。180の研究と10,151のサンプルが8つの主要な食品グループに属する食品Microbionet 4.1.2は,食品細菌群集に関する最大で最良の注釈データベースである。このバージョンは,1684の環境試料および8,467の食品試料を含み,EFSA食品Ex2分類の16L1カテゴリーおよび196L6カテゴリーに属し,以前のバージョン(3.1,https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2019.108249)より約4倍大きかった。食品Microbionetにおけるデータを用いて,最も一般的に使用される16S RNA遺伝子標的領域(V1-V3,V3-V4,V4)を用いた大部分のアンプリコン配列変異体に対して,属レベルでの分類学的帰属を確かに行うことができ,より高い品質配列およびより長い断片長を有する最良の結果を有するが,種レベルでの帰属を確認する際には,注意が必要であることを確認した。”その分類は,最も一般的に使用されている16S RNA遺伝子標的領域(V1-V3,V3-V4,V4)を用いた。食品Microbionetおよび関連データおよびソフトウェアの両方は,科学的データおよびソフトウェアに対するFAIR(定義可能,アクセス可能,相互運用可能,再使用可能/再現性)基準に適合し,公共リポジトリ(GitHub,Mendeleyデータ)に自由に利用可能である。食品MicrobionetがQIITA,IMNGSおよびMGnificationを有さないとしても,著者らは,そのサイズと多様性のために,この反復が科学的コミュニティと産業および規制利害関係者の両方のための貴重な資産を提供すると感じた。【JST・京大機械翻訳】
