I-KCKTは成体ショウジョウバエ腸前駆細胞の解剖フリーRNAプロファイリングを可能にする【JST・京大機械翻訳】

Buddika, K.; Xu, J.; Ariyapala, I. S.; Sokol, N. S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212478557410 整理番号：22P0240066

I-KCKTは成体ショウジョウバエ腸前駆細胞の解剖フリーRNAプロファイリングを可能にする【JST・京大機械翻訳】

I-KCKT allows dissection-free RNA profiling of adult Drosophila intestinal progenitor cells

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発行年： 2020年08月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年08月31日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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成体ショウジョウバエ腸上皮は幹細胞生物学のモデル系であるが,その有用性は細胞タイプ分解能を欠く現在の生化学的方法により制限される。ここでは,腸前駆体細胞で排他的に発現する,腸-ノックアウト-GAL4(I-KCKT-GAL4)と名付けた,GAL4ドライバーに依存する,新しい近接に基づくプロファイリング法を述べた。この方法は,I-KCKT-GAL4により駆動されるトランスジェニックエピトープ標識RNA結合蛋白質のRNAカーゴを免疫沈降するために,UV架橋全動物凍結粉末を用いた。一般的なmRNA結合体,ポリ(A)結合蛋白質に応用した場合,この方法により得られたRNAプロファイルは,前駆体細胞ソーティング後に見出された転写物の98.8%を同定し,全動物溶解物に由来するにもかかわらず,低いバックグラウンドノイズを有した。また,より選択的RNA結合体,Fragile Mental Retardation Proteinの標的をCLIP増強を用いてマッピングし,ショウジョウバエ細胞における結合モチーフを初めて報告した。したがって,この方法は,正常および変化した環境に曝露した無傷ハエからの野生型および変異腸前駆細胞のRNAプロファイリング,ならびに幹細胞機能に重要なRNA-蛋白質相互作用の同定を可能にするであろう。Summary Statement Weは,in vivo幹細胞集団における近接性に基づくRNA-蛋白質相互作用を同定する解離フリー法を報告し,前例のない速度と分解能でこれらの細胞の分子分析を可能にする。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 細胞生理一般 , 生物学的機能

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