肉腫組織に用いられる解離プロトコルは単一細胞および単一核RNA配列決定において観察されるトランスクリプトームをバイアスする【JST・京大機械翻訳】

Truong, D. D.; Lamhamedi-Cherradi, S.-E.; Porter, R. W.; Krishnan, S.; Swaminathan, J.; Gibson, A.; Lazar, A. J.; Livingston, J. A.; Gopalakrishnan, V.; Gordon, N.; Daw, N. C.; Gorlick, R.; Ludwig, J. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216927687906 整理番号：22P0312979

肉腫組織に用いられる解離プロトコルは単一細胞および単一核RNA配列決定において観察されるトランスクリプトームをバイアスする【JST・京大機械翻訳】

Dissociation protocols used for sarcoma tissues bias the transcriptome observed in single-cell and single-nucleus RNA sequencing

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資料名：
発行年： 2022年04月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月12日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

背景:単一細胞RNA-seqは,単一細胞レベルで,複雑な組織を研究し,細胞型,状態,および系統を特徴づけるために使用される革新的技術として浮上している。個々の細胞成分によるバルク腫瘍の分類は,多くの器官,癌,および発生モデルに対する単一細胞アラーゼを生成する新しい機会も生み出す。この技術の大きな有望性にもかかわらず,上皮組織および多様な癌を研究する最近の証拠は,組織処理,細胞脱凝集および保存に使用される方法が,遺伝子発現を有意にバイアスし,観察された細胞型を変えることができることを示唆する。間葉起源の肉腫-腫瘍が同一の技術的アーチファクトを受けるかどうかを決定するために,著者らは3つの攻撃的サブタイプ:骨肉腫,Ewing肉腫(ES),デスモプラスト小円形細胞腫瘍(DSRCT)から伝播した患者由来腫瘍外植体(PDXs)をプロファイリングした。これらの肉腫サブタイプの希少性を考えると,著者らは,より広く利用可能なアーカイブ凍結標本からの単一核RNA-seqが,組織表現型または病原性融合蛋白質に関連する遺伝子発現シグネチャによって正確に同定できるかどうかを調査した。結果:著者らは,異なる肉腫サブタイプにわたる解離法を系統的に評価した。ES,DSRCTおよび骨肉腫PDXsからの125,831全細胞および核の単一細胞および単一核RNA配列決定からの遺伝子発現を比較した。単一細胞試料中の温間解離アーチファクトと単一核試料中の遺伝子長バイアスを検出した。クラス肉腫遺伝子シグネチャは解離法に関係なく観察された。さらに,解離法バイアスを計算的に補正できることを示した。結論:著者らは,様々な肉腫サブタイプに対する解離法によって導入された温間解離と遺伝子長バイアスを含む転写バイアスを強調した。本研究は,sc/snRNA-seqに使われた解離法が肉腫PDXにおける分子特徴の解釈にどのように影響するかを初めて特徴付けるものである。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理 , 細胞生理一般 , 遺伝学研究法 , 発生と分化

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