トランスクリプトームデータセットの大規模調査による複数の生物学的文脈にわたる遺伝子発現パターンの解明【JST・京大機械翻訳】

Figueiredo, R. Q.; Diaz del Ser, S.; Raschka, T.; Hofmann-Apitius, M.; Kodamullil, A. T.; Mubeen, S.; Domingo-Fernandez, D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218941748341 整理番号：22P0312655

トランスクリプトームデータセットの大規模調査による複数の生物学的文脈にわたる遺伝子発現パターンの解明【JST・京大機械翻訳】

Elucidating gene expression patterns across multiple biological contexts through a large-scale investigation of transcriptomic datasets

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (7件)： , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年01月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月20日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞内の異なる遺伝子発現パターンは,ヒト組織や細胞型のような特定の状況で観察される機能の多様性やユニークな特性の基礎である。いくつかの生物学的プロセスは,膨大な量の利用可能な遺伝子発現データを利用することにより,一般的に文脈にわたって発生するが,特定の状況に特有なプロセスを解読できる。したがって,異なる生物学的過程を支配する方法をより良く解明するために,文脈特異的パターンのポートレートを開発する目的で,本研究では,98のサブコンテキストに分類される600の遺伝子発現データセットを過剰発現させることによって,3つの異なる状況(すなわち,組織,細胞型,および細胞株)にわたるトランスクリプトームシグネチャの大規模探索を提示する。これらのサブコンテキストからの遺伝子間の最も強いペアワイズ相関を共発現ネットワークの構築に用いた。ネットワークベースのアプローチを用いて,次に,これらのサブコンテキストを横断してユニークで一般的なパターンを指摘した。最初に,個々のノードのレベルでパターンに焦点を当て,ヒト蛋白質-蛋白質インタラクトームを参照ネットワークとして用いてそれらの機能的役割を評価した。次に,各文脈の中で,著者らは,科学的文献において既に記述された関係と同様に,特異的で共有された相関を同定するために,共発現ネットワークを系統的に重ね合わせた。さらに,経路レベル分析において,特定のサブコンテキストまたはそれらのグループに関連する生物学的プロセスを同定するために,経路知識に対する共発現ネットワークからのノードおよびエッジセットを重複した。最後に,https://zenodo.org/record/5831786とhttps://github.com/ContNeXt/でデータおよびスクリプトをリリースし,本研究で生成されたネットワークを探索するためのWebアプリケーションであるContNeXt(https://contnext.scai.fraunhofer.de/)を開発した。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , ,
, , , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

, , , ,

前のページに戻る