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J-GLOBAL ID：202202270806126281   整理番号：22A0982233

16S rRNA標的配列決定に基づく唾液微生物叢プロファイルに及ぼす貯蔵温度とフラッシュ凍結の影響【JST・京大機械翻訳】

Effect of storage temperature and flash-freezing on salivary microbiota profiles based on 16S rRNA-targeted sequencing

著者 (8件)： Furuhashi Hiroto (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Takayasu Lena (Laboratory for Microbiome Sciences, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Kanagawa, Japan) ,  Isshi Kimio (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Hara Yuko (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Ono Shingo (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Kato Masayuki (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Sumiyama Kazuki (Department of Endoscopy, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Suda Wataru (Laboratory for Microbiome Sciences, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Kanagawa, Japan)
資料名： European Journal of Oral Sciences  (European Journal of Oral Sciences)
巻： 130  号： 2  ページ： e12852  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1452A  ISSN： 0909-8836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 試料貯蔵環境は16S rRNAシークエンシングを用いて評価したように腸微生物プロファイルに影響した。しかし,ヒト唾液微生物プロファイルに対する貯蔵条件の影響はよく特性化されていない。ここでは,MiSeq Illuminaプラットフォームを用いた即時DNA抽出と比較して,3つの異なる貯蔵環境(フラッシュ凍結後-80°C,-80°Cおよび-15°C;全て14日間)における微生物叢プロファイルのロバスト性を評価するための観察研究を行った。注目すべきことに,16S rRNA V1-V2領域アンプリコン配列決定は,即時抽出と3つの貯蔵条件の各々の間の微生物叢プロファイルにおける差異を明らかにしなかった。ほぼ完全な相関が,属と操作上の分類単位レベルでの相対存在量に対する即時抽出と-15°C貯蔵グループの間で示された。貯蔵方法間の個体内UniFrac距離は,個人間距離のそれらより有意に短かった。抽出DNAの量,α-多様性指数,または門/生殖/操作分類単位レベルでの相対豊度は,貯蔵方法間で異なった。これらの知見は,フラッシュ凍結のない-15°Cの貯蔵温度が16S rRNA配列決定に基づく唾液微生物研究におけるコスト利点と単純さの点で最適であるかもしれないことを示す。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *微生物 ,  試料 ,  DNA【核酸】 ,  *rRNA ,  遺伝子 ,  生殖 ,  *凍結 ,  ヒト ,  ゲノム ,  *ミクロフローラ ,  ロバスト性
準シソーラス用語： *16S rRNA ,  配列解析 ,  アンプリコン ,  DNA抽出 ,  多様性指数 ,  メタゲノム ,  *保存温度 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 生物 ,  消化管マイクロバイオーム ,  メタゲノム ,  保存 ,  唾液

分類 (3件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (8件)： rRNA ,  標的配列 ,  唾液 ,  微生物叢 ,  プロファイル ,  貯蔵温度 ,  フラッシュ ,  凍結