MICHIAKI HAMADA

ハマダミチアキ | MICHIAKI HAMADA

Affiliation and department：
Other affiliations (2)：

産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ招聘研究員(班長)
日本医科大学客員教授

Homepage URL (1)： https://www.hamadalab.com/

Research field (2)： Biological, health, and medical informatics , Intelligent informatics

Research keywords (13)： RNA創薬 , 人工知能 , 確率モデル , RNA-タンパク質相互作用 , RNA-RNA相互作用 , interactome , long noncoding RNA (lncRNA) , epi-transcriptome , epi-genome , RNA aptamer , 配列情報解析 , RNA , バイオインフォマティクス

Research theme for competitive and other funds (21)：

2022 - 2028 Platform for Advanced Genome Science
2023 - 2026 Overview and Systematic Understanding of Biological Phase Separation Based on RNA-Centric Molecular Networks
2021 - 2024 AIアプタマー創薬プロジェクト
2020 - 2023 リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明
2019 - 2022 発達期ダイオキシンと老年期の高次認知機能低下の関係性解明

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Papers (118)：

Yutaro Wakabayashi, Aika Shimono, Yuki Terauchi, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kentaro Semba, Shinya Watanabe, Kosuke Ishikawa. Identification of a novel RNA transcript TISPL upregulated by stressors that stimulate ATF4. Gene. 2024. 148464-148464
Tatsuo Adachi, Shigetaka Nakamura, Akiya Michishita, Daiki Kawahara, Mizuki Yamamoto, Michiaki Hamada, Yoshikazu Nakamura. RaptGen-Assisted Generation of an RNA/DNA Hybrid Aptamer against SARS-CoV-2 Spike Protein. Biochemistry. 2024
Segewkal Heruye, Jered Myslinski, Chao Zeng, Amy Zollman, Shinichi Makino, Azuma Nanamatsu, Quoseena Mir, Sarath Chandra Janga, Emma H Doud, Michael T Eadon, et al. Inflammation primes the kidney for recovery by activating AZIN1 A-to-I editing. bioRxiv : the preprint server for biology. 2023
Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning. Frontiers in Bioinformatics. 2023. 3
Motoyo Maruyama, Atsushi Sakai, Tsukasa Fukunaga, Yoshitaka Miyagawa, Takashi Okada, Michiaki Hamada, Hidenori Suzuki. Neat1 lncRNA organizes the inflammatory gene expressions in the dorsal root ganglion in neuropathic pain caused by nerve injury. Frontiers in Immunology. 2023. 14

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MISC (34)：

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. Fast RNA-RNA Interaction Prediction Methods for Interaction Analysis of Transcriptome-Scale Large Datasets. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2023. 2586. 163-173
高橋聡, 野呂林太郎, 吉川明子, 中道真仁, 菅野哲平, 松本優, 武内進, 平尾真季子, 松田久仁子, Zeng Chao, et al. ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義. 日本呼吸器学会誌. 2020. 9. 増刊. 177-177
高橋聡, 野呂林太郎, 吉川明子, 中道真仁, 菅野哲平, 松本優, 武内進, 平尾真季子, 松田久仁子, Zeng Chao, et al. ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義. 日本呼吸器学会誌. 2020. 9. 増刊. 177-177
Akira Orimo, Yasuhiko Ito, Yoshihiro Mezawa, Kaidiliavi Sulidan, Yataro Daigo, Nadila Wali, Okio Hino, Kazuyoshi Takeda, Michiaki Hamada, Yuko Matsumura. CAFs induce formation of metastatic human breast tumor cell clusters with partial epithelial-mesenchymal transition. CANCER SCIENCE. 2018. 109. 797-797
藤田理紗, 有村泰宏, 山本達郎, 浜田道昭, 斉藤典子, 胡桃坂仁志. 非コードRNA Eleanorはヌクレオソーム中のヒストンの交換を促進する. 生命科学系学会合同年次大会. 2017. 2017年度. [3PT18-0555)]

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Patents (4)：

Books (13)：

核酸医薬〜モダリティ・合成・分析・DDSの最新動向〜
(株)エヌ・ティー・エス 2024 ISBN:9784860438869
あなたのラボから薬を生み出すアカデミア創薬の実践 : all Japan体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線
羊土社 2024 ISBN:9784758104166
機械学習を用いたアプタマー配列の解析と創薬、実験医学別冊 Pythonで実践生命科学データの機械学習
羊土社 2023 ISBN:9784758122634
機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索, 月刊細胞
ニューサイエンス社 2022
システムバイオロジー
コロナ社 2022 ISBN:9784339027341

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Lectures and oral presentations (34)：

RNA創薬を加速する情報技術、[S41] 外来性RNAに対する防御機構解明が切り拓くRNA創薬のニューフロンティア
(日本薬学会第144年会 2024)
核酸医薬研究を加速する情報技術の開発と応用
(第453回CBI学会講演会「中分子創薬を革新する計算科学、情報科学の最前線」 2024)
バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを
(早稲田大学校友会稲門医師会第8回総会 2024)
バイオインフォマティクス:情報科学で生命・医学・薬学研究にブレイクスルーを
(先進技術研究会 2023)
情報科学を用いたmRNA・核酸医薬研究
(第8回 mRNA薬検討会 2023)

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Education (3)：

2005 - 2009 Tokyo Institute of Technology Interdisciplinary Science and Engineering Intelligent Systems Science
2000 - 2002 Tohoku University Graduate School of Science Department of Mathematics
1996 - 2000 Tohoku University

Professional career (1)：

博士(理学) (東京工業大学)

Work history (7)：

2022/04 - 現在早稲田大学次代の中核研究者
2018/04 - 現在 Waseda University Faculty of Science and Engineering Professor
2017/04 - 現在 Nippon Medical School
2016/10 - 現在産業技術総合研究所生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL) 招聘研究員 / 班長
2014/04 - 2018/03 Waseda University Faculty of Science and Engineering Associate Professor

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Committee career (5)：

2023/04 - 現在日本バイオインフォマティクス学会副理事長
2022/06 - 現在 mRNAターゲット創薬研究機構理事
2020/04 - 現在日本バイオインフォマティクス学会幹事
2021/09 - 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)大会長
2015/04 - 2017/03 日本バイオインフォマティクス学会理事

Awards (5)：

2023/07 - Waseda University Waseda University Teaching Award Bioinformatics
2022/04 - 早稲田大学早稲田大学次代の中核研究者 2022
2021/12 - 早稲田大学早稲田大学リサーチアワード(国際研究発信力)
2017/04 - 文部科学省平成29年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2016/04 - 産業技術総合研究所産業技術総合研究所理事長賞(研究)

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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