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J-GLOBAL ID：201101043857230156   Update date: Mar. 26, 2024

Shimizu Hiroshi

Shimizu Hiroshi
Affiliation and department：
Osaka University Department of Bioinformatic Engineering

About Osaka University Department of Bioinformatic Engineering


Job title： Professor
Homepage URL  (2)： https://metabolic-engineering.jp/ ,  https://en.metabolic-engineering.jp/
Research field  (2)： Biological, health, and medical informatics ,  Applied biofunctional and bioprocess engineering
Research keywords  (5)： 代謝工学 ,  13C代謝フラックス解析 ,  ゲノムスケール代謝シミュレーション ,  実験室進化 ,  機械学習によるタンパク質機能改変
Research theme for competitive and other funds  (28)：
  • 2019 - 2024 High performance microbial cell factories development by model based metabolic design and adaptive laboratory evolution
  • 2021 - 2024 微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析
  • 2019 - 2022 Identification of rate limiting step in metabolic pathway for bioproductions based on genome scale model
  • 2016 - 2021 新光合成:光エネルギー変換システムの再最適化
  • 2016 - 2021 プロトン駆動力による細胞内代謝制御
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Papers (245)：
  • Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda. Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin. Journal of Bioscience and Bioengineering. 2024
  • Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya. Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli. Biotechnology and bioengineering. 2023
  • Keisuke Wada, Kiyoka Uebayashi, Yoshihiro Toya, Sastia Prama Putri, Fumio Matsuda, Eiichiro Fukusaki, James C Liao, Hiroshi Shimizu. Effects of n-butanol production on metabolism and the photosystem in Synecococcus elongatus PCC 7942 based on metabolic flux and target proteome analyses. The Journal of general and applied microbiology. 2023. 69. 185-195
  • Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions. Journal of bioscience and bioengineering. 2023. 135. 4. 291-297
  • Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu. Effect of light fluctuations on photosynthesis and metabolic flux in Synechocystis sp. PCC 6803. Biotechnology progress. 2023. e3326
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MISC (429)：
  • 清水浩, 戸谷吉博. 多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー. 生物物理. 2022. 62. 4. 104-109
  • 徳山健斗, 清水浩. バイオによるものづくりに貢献する機械学習・深層学習技術. 化学工学会誌. 2022. 86. 4. 161-164
  • 徳山健斗, 下平祥貴, 寺脇貴弘, 楠瀬泰弘, 中井裕章, 辻󠄀雄一郎, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩. データサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリング. 生物工学会誌. 2022. 100. 2. 80-80
  • 清水浩, 戸谷吉博. Systems Biology of Cyanobacteria for Investigating Light Adaptive Mechanisms. 生物物理(Web). 2022. 62. 2
  • 川本優一, 戸谷吉博, 清水浩. 微生物共培養のための精製タンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発. 化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM). 2022. 87th
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Patents (5)：
Books (16)：
  • 微生物を活用した有用物質の製造技術 第3章化成品原料の生産
    CMC出版 2023 ISBN:9784781317403
  • 光合成 第IV部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ
    朝倉書店 2021 ISBN:9784254171761
  • 代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析
    シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313504
  • BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5
    2017
  • バイオプロセスシステム : 効率よく利用するための基礎と応用
    シーエムシー出版 2009 ISBN:9784781300832
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Lectures and oral presentations  (96)：
  • 赤木 駿斗、清水 浩、戸谷 吉博
    ("化学工学会第89年会 ")
  • グリコールアルデヒドがシアノバクテリアの代謝に与える影響の解析
    (化学工学会第89年会)
  • 大腸菌におけるメバロン酸生産のための光遺伝学技術を利用した代謝工学
    (化学工学会第89年会)
  • "Metabolic Engineering Based on in Silico Design and Experimental Analysis for Bioproduction "
    (ASBA2023)
  • モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製
    (化学工学会第54回秋季大会)
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Education (2)：
  • 1990 - 京都大学 工学博士
  • 1989 - 京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学
Professional career (1)：
  • PhD
Work history (9)：
  • 2019/04 - 現在 Osaka University
  • 2003 - 現在 大阪大学 大学院・情報科学研究科 教授
  • 2015/08 - 2019/03 Osaka University
  • 2011/08 - 2014/03 Osaka University
  • 2007/08 - 2011/08 Osaka University Graduate School of Information Science and Technology
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Committee career (9)：
  • 2023 - 2025 公益社団法人 日本生物工学会 理事 副会長
  • 2023 - 2025 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 革新的GX技術創出事業(GteX)バイオものづくり領域 領域アドバイザー
  • 2023 - 2025 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 未来社会創造事業「地球環境課題である低炭素社会の実現」領域研究開発運営会議外部専門家
  • 2022/06 - 2024/03 国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 領域アドバイザー(ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」)
  • 2019/04 - 2023/03 国立研究開発法人科学技術振興機構 先端的低炭素化技術開発事業(ALCA)推進委員会分科会委員および未来社会創造事業低炭素社会領域研究開発運営会議(分科会)外部専門家
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Awards (10)：
  • 2023/09 - 日本生物工学会 第31回生物工学論文賞
  • 2021/10 - 日本生物工学会 トピックス賞 光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換
  • 2021 - 第29回生物工学論文賞 Data science-based modeling of lysine fermentation process
  • 2018/09 - 日本生物工学会 第26回生物工学論文賞
  • 2018/09 - 日本生物工学会 第12回 生物工学功績賞 計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究
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Association Membership(s) (5)：
JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY ,  バイオインダストリー協会 ,  日本分子生物学会 ,  化学工学会 ,  日本生物工学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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