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J-GLOBAL ID：201802277441817521   Reference number：18A1282125

Methods for analyzing next-generation sequencing data: XII. Galaxy-Sharing histories and workflows

次世代シーケンサーデータの解析手法 第12回 Galaxy:ヒストリーとワークフロー

Author (6)： TERADA TOMOKO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  OTA TATSURO (情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセ) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 微生物科学イノベーション連携研究機構) ,  KADOTA KOJI (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  KADOTA KOJI (東大 微生物科学イノベーション連携研究機構)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 29  Issue： 2  Page： 79-88  Publication year： Jul. 02, 2018 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 解説  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： automatic analyser ,...
Semi thesaurus term： Galaxy ,...

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JST classification (2)： Molecular genetics in general  (EC02010J) ,  Molecular and genetic information processing  (JE15040B)

Reference (6)：

• 1) Afgan E, Baker D, van den Beek M, Blankenberg D, Bouvier D, et al. (2016) The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update. Nucleic Acids Res 44: W3-W10.
• 2) Bolger AM, Lohse M, Usadel B. (2014) Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30: 2114-2120.
• 3) 谷澤靖洋,神沼英里,中村保一,清水謙多郎,門田幸二(2016)次世代シーケンサーデータの解析手法:第 6 回ゲノムアセンブリ.日本乳酸菌学会誌 27: 41-52.
• 4) 大田達郎,寺田朋子,清水謙多郎,門田幸二(2017)次世代シーケンサーデータの解析手法:第 11 回統合データ解析環境 Galaxy.日本乳酸菌学会誌 28: 167-175.
• 5) Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, et al. (2017) DNA Data Bank of Japan. Nucleic Acids Res 45: D25-D31.

Terms in the title (4)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  ヒストリー ,  ワークフロー