Pat
J-GLOBAL ID：201803007421283753
フソバクテリウム・ヌクレアタムの菌株識別方法
Inventor：
,
Applicant, Patent owner：
Agent (5)：
小野 新次郎
, 小林 泰
, 竹内 茂雄
, 山本 修
, 廣瀬 しのぶ
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2016222636
Publication number (International publication number)：2018078823
Application date： Nov. 15, 2016
Publication date： May. 24, 2018
Summary：
【課題】試料中のフソバクテリウム・ヌクレアタムを菌株レベルで識別する方法の提供。【解決手段】下記群より選択される少なくとも1つの領域について、当該領域を含むCRISPR-Cas配列の存否及び当該配列の長さを検出することを含む方法。前記該試料由来のDNAにおいて、特定の配列を持つ亜種アニマリスのゲノム、又は対応する領域に存在する特定のCas遺伝子群の3’側に存在するCRISPR領域。又は、亜種ポリモルファムのゲノム、又は対応する領域に存在する特定のCas遺伝子群の3’側に存在するCRISPR領域。亜種ヴィンセンティのゲノム、又は対応する領域に存在する特定のCas遺伝子群の3’側に存在するCRISPR領域。又は、亜種ポリモルファム又は、対応する領域に存在する特定のCas遺伝子群の3’側に存在するCRISPR領域。【選択図】なし
Claim (excerpt)：
試料中のフソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)を菌株レベルで識別する方法であって、当該試料由来のDNAにおいて、以下:
(1)国際塩基配列データベース(INSD)アクセッションナンバーCP012713であるフソバクテリウム・ヌクレアタム亜種アニマリス(Fusobacterium nucleatum subsp. animalis) KCOM 1279株のゲノムの2,454,881 bp〜2,463,504 bpまたはそれに対応する領域に存在するCas遺伝子群(タイプI-B)の3’側に存在するCRISPR領域;
(2)INSDアクセッションナンバーCP013121であるフソバクテリウム・ヌクレアタム亜種ポリモルファム(Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum) ChDC F306株のゲノムの1,070,083 bp〜1,078,752 bpまたはそれに対応する領域に存在するCas遺伝子群(タイプI-B)の3’側に存在するCRISPR領域;
(3)INSDアクセッションナンバーCP012714であるフソバクテリウム・ヌクレアタム亜種ヴィンセンティ(Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii)ChDC F8 KCOM 1231株のゲノムの1,100,111 bp〜1,106,109 bpまたはそれに対応する領域に存在するCas遺伝子群(タイプII-A)の3’側に存在するCRISPR領域;および
(4)INSDアクセッションナンバーCP013121であるフソバクテリウム・ヌクレアタム亜種ポリモルファム ChDC F306株のゲノムの279,908 bp〜289,159 bpまたはそれに対応する領域に存在するCas遺伝子群(タイプIII-A)の3’側に存在するCRISPR領域;
からなる群より選択される少なくとも1つの領域について、当該領域を含むCRISPR-Cas配列の存否及び当該配列の長さを検出することを含む、前記方法。
IPC (2)：
FI (2)：
F-Term (13)：
4B063QA01
, 4B063QA18
, 4B063QA19
, 4B063QQ06
, 4B063QQ42
, 4B063QQ52
, 4B063QR08
, 4B063QR32
, 4B063QR36
, 4B063QR62
, 4B063QS25
, 4B063QS34
, 4B063QX02
Cited by examiner (2)
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細菌株の検出および型決定
Gazette classification：公表公報
Application number：特願2007-510924
Applicant：ダニスコエイ/エス
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腸出血性大腸菌を検出及び同定する方法
Gazette classification：公表公報
Application number：特願2015-516741
Applicant：アジャンスナシオナルドセキュリテサニテアドラリマンタシオン,ドレンヴィロンヌマンエデュトラヴァイユ
Article cited by the Patent：
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