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J-GLOBAL ID：202002220414347565   Reference number：20A0700309

Single-cell genomics of environmental bacteria-Development of microfluidic droplet-based whole genome sequencing method and its application to environmental samples-

環境細菌のシングルセルゲノム解析-微小液滴を用いたゲノム解析手法とその応用例-

Author (9)： NISHIKAWA YOHEI (産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL)) ,  NISHIKAWA YOHEI (早稲田大 ナノ・ライフ創新研究機構) ,  HOSOKAWA MASAHITO (早稲田大 理工学術院 総合研 先進生命動態研) ,  KOGAWA MASATO (産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL)) ,  KOGAWA MASATO (早稲田大) ,  TAKEYAMA HARUKO (産総研・早大生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ(CBBD-OIL)) ,  TAKEYAMA HARUKO (早稲田大 ナノ・ライフ創新研究機構) ,  TAKEYAMA HARUKO (早稲田大 理工学術院 総合研 先進生命動態研) ,  TAKEYAMA HARUKO (早稲田大)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 31  Issue： 1  Page： 17-24  Publication year： Mar. 09, 2020 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 文献レビュー  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *bacterium ,...
Semi thesaurus term： 16S rRNA gene ,...

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JST classification (3)： Research methods in genetics  (EC01020N) ,  Structure and chemistry of genes  (EC02020U) ,  Microorganism biochemistry  (EG03020N)

Reference (44)：

• 1) Locey, K.J. & Lennon, J.T. (2016) Scaling laws predict global microbial diversity. Proc Natl Acad Sci U S A <b>113</b>: 5970-5975.
• 2) Nguyen, N.P., Warnow, T., Pop, M. & White, B. (2016) A perspective on 16S rRNA operational taxonomic unit clustering using sequence similarity. NPJ Biofilms Microbiomes <b>2</b>: 16004.
• 3) Callahan, B.J., McMurdie, P.J. & Holmes, S.P. (2017) Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis. ISME J <b>11</b>: 2639-2643.
• 4) Beja, O., Suzuki, M.T., Koonin, E.V., Aravind, L., Hadd, A. et al. (2000) Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage. Environ Microbiol 2: 516-529.
• 5) Venter, J.C., Remington, K., Heidelberg, J.F., Halpern, A.L., Rusch, D. et al. (2004) Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea. Science 304: 66-74.

Terms in the title (8)： 環境 ,  細菌 ,  セル ,  ゲノム解析 ,  微小液滴 ,  ゲノム ,  解析手法 ,  応用