KNApSAcK Motorcycleデータベースに感化されたビッグデータ生物学の流れにおける植物の二次代謝経路に関係した酵素の蛋白質配列多様性の分類

IKEDA Shun; ABE Takashi; NAKAMURA Yukiko; KIBINGE Nelson; HIRAI MORITA Aki; NAKATANI Atsushi; ONO Naoaki; IKEMURA Toshimichi; NAKAMURA Kensuke; ALTAF-UL-AMIN Md.; KANAYA Shigehiko; KANAYA Shigehiko

文献

J-GLOBAL ID：201302271995729812 整理番号：13A1032006

KNApSAcK Motorcycleデータベースに感化されたビッグデータ生物学の流れにおける植物の二次代謝経路に関係した酵素の蛋白質配列多様性の分類

Systematization of the Protein Sequence Diversity in Enzymes Related to Secondary Metabolic Pathways in Plants, in the Context of Big Data Biology Inspired by the KNApSAcK Motorcycle Database

出版者サイト複写サービスで全文入手 {{ this.onShowCLink("http://jdream3.com/copy/?sid=JGLOBAL&noSystem=1&documentNoArray=13A1032006&COPY=1") }}
高度な検索・分析はJDreamⅢで {{ this.onShowJLink("http://jdream3.com/lp/jglobal/index.html?docNo=13A1032006&from=J-GLOBAL&jstjournalNo=W1897A") }}

著者 (12件)： , , , , , , , , , , ,
資料名：
巻： 54 号： 5 ページ： 711-727 発行年： 2013年05月
JST資料番号： W1897A ISSN： 0032-0781 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

近年,生物においてもビッグデータの利用が盛んになっている。Knapsackは広く利用されている生物種-代謝物データベースで,Motorcycleと呼ばれる2次代謝経路データベースも加わりさらに拡大した。著者らは一括学習型自己組織化マップ法(BL-SOMs)を用い,2次代謝に関連する酵素の配列多様性を調べた。まず,植物と細菌のアミノ酸配列を用いてマップを構築し,このマップからの特定の酵素グループに関して,その2次代謝経路の酵素の配列多様性が解析された。15の2次代謝酵素グループについて解析した。ビッグデータを利用したアミノ酸配列研究は,いまでは生物学で非常に重要となっている。

, , , , , , , , , , , , , , , , , ,
, , , ,

酵素生理 , 植物の生化学 , 植物学研究法

引用文献 (151件)：

Abe, T., Kanaya, S., Kinouchi, M., Ichiba, M., Kozuki, T. and Ikemura, T. (2003) Informatics for unveiling hidden genome signatures. Genome Res. 13: 693-702.
Abe, T., Kanaya, S., Uehara, H. and Ikemura, T. (2009) A novel bioinformatics strategy for function prediction of poorly-characterized protein genes obtained from metagenome analyses. DNA Res. 16:287-298.
Acharjee, A., Kloosterman, B. and Maliepaard, C. (2011) Data integration and network reconstruction with omics data using random forest regression in potato. Anal. Chim. Acta 705: 56-63.
Afendi, F.M., Katsuragi, T., Kato, A., Nishihara, N., Nakamura, K., Nakamura, Y. et al. (2012a) Systems biology approaches and metabolomics for understanding Japanese traditional Kampo medicine. Curr. Pharm. Personalized Med. 10: 111-124.
Afendi, F.M., Okada, T., Yamazaki, M., Hirai-Morita, A., Nakamura, Y., Nakamura, K. et al. (2012b) KNApSAcK family databases: integrated metabolite-plant species databases for multifaceted plant research. Plant Cell Physiol. 53: e1.

, , , , , , , , ,

前のページに戻る