GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム

発明者： , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (4件)：志賀正武 , 棚井澄雄 , 高橋詔男 , 五十嵐光永
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2010-169324
公開番号（公開出願番号）：特開2012-032163
特許番号：特許第5773406号
出願日： 2010年07月28日
公開日（公表日）： 2012年02月16日
請求項（抜粋）：

【請求項1】検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質であるか否かを判定するGPIアンカー型タンパク質の判定装置であって、前記検査対象タンパク質のアミノ酸配列情報を取得する配列取得部と、前記配列取得部が取得したアミノ酸配列情報における既知のGPIアンカー型タンパク質のプロペプチド領域を含む領域として、前記アミノ酸配列情報のC末端から予め定められた残基数の領域を特定し、当該プロペプチド領域を含む領域のアミノ酸残基を抽出し、当該抽出したアミノ酸残基のそれぞれに対して、当該プロペプチド領域を含む領域のアミノ酸残基の側鎖サイズの平均化に用いる残基数である側鎖サイズ特性抽出必要数を用いて、連続する当該側鎖サイズ特性抽出必要数分のアミノ酸残基の各側鎖サイズ指標値の平均値である平均側鎖サイズを1残基ずつずらしながら複数算出する側鎖サイズ算出部と、既知のGPIアンカー型タンパク質の所定の領域内の位置に存在するアミノ酸残基の種類の出現頻度と既知の非GPIアンカー型タンパク質の所定の領域内の位置に存在するアミノ酸残基の種類の出現頻度とから求められる既知のGPIアンカー型タンパク質のアミノ酸残基位置におけるアミノ酸残基の種類の出現度合いを示す位置特異的スコアを取得し、当該位置特異的スコアに基づき、前記側鎖サイズ算出部が算出した平均側鎖サイズが最小となる位置を基準位置とする、当該基準位置からN末端側及びC末端側に連続する所定の残基数のアミノ酸残基からなる所定の領域におけるアミノ酸残基の部分配列の各アミノ酸残基の位置特異的スコアを特定し、当該各アミノ酸残基の位置特異的スコアを示す数値列であるスコア数値列を生成するスコア数値列生成部と、前記スコア数値列生成部が生成したスコア数値列を入力し、GPIアンカー型タンパク質らしさを示す0以上1以下の期待値を出力する分類部であって、既知のGPIアンカー型タンパク質の前記スコア数値列を入力とした場合に、期待値として1を出力し、既知の非GPIアンカー型タンパク質の前記スコア数値列を入力した場合に、期待値として0を出力するように学習された分類部と、前記分類部が出力した期待値が0.5未満であると判定した場合に、前記検査対象タンパク質がGPIアンカー型タンパク質でないと判定するGPIアンカー型タンパク質判定部と、を備えることを特徴とするGPIアンカー型タンパク質の判定装置。

IPC (2件)：

G06F 19/24 ( 201 1.01) , G01N 33/48 ( 200 6.01)

FI (2件)：

G06F 19/24 , G01N 33/48 Z

引用特許：

審査官引用 (4件)

タンパク質情報処理装置および方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-290250 出願人：独立行政法人産業技術総合研究所
シグナルペプチドの判別方法、及びそのためのコンピュータプログラム
公報種別：公開公報出願番号：特願2001-181248 出願人：科学技術振興事業団
膜蛋白質か否かの判別方法、膜蛋白質の機能推定方法、膜貫通ヘリックス領域予測、及びこれらをコンピュータで実施するためのコンピュータプログラム
公報種別：公開公報出願番号：特願2001-010466 出願人：科学技術振興事業団

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引用文献：

審査官引用 (4件)

Prediction of Potential GPI-modification Sites inProprotein Sequences
Identification of GPI anchor attachment signals by a Kohonenself-organizing map
PredGPI: a GPI-anchor predictor

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