特許
J-GLOBAL ID：201503001192951585
アミノ酸配列解析方法及び装置
発明者：
,
,
,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人京都国際特許事務所
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2012-021819
公開番号（公開出願番号）：特開2013-160595
特許番号：特許第5821670号
出願日： 2012年02月03日
公開日（公表日）： 2013年08月19日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 質量分析により得られたマススペクトルデータに基づいて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析方法であって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量電荷比とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータと既知である前記目的試料のアミノ酸組成情報とに基づいて、分枝限定法による探索アルゴリズムを利用したデノボシーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)該アミノ酸配列候補決定ステップで選出された複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用してそのアミノ酸配列候補が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)該確度算出ステップで算出された確度情報に基づいて前記アミノ酸配列候補決定ステップにより選出されたアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて該アミノ酸配列候補の全て又は一部を提示する情報提示ステップと、
を有し、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、前記ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、部分的にアミノ酸を配したアミノ酸配列を節点とし次に配するアミノ酸に対応したピーク強度を枝とする木構造の有向グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、前記アミノ酸組成情報によるアミノ酸種類及び個数を拘束条件として、ピークリストを利用し前記有向グラフ上でアミノ酸配列の一方の末端から両末端交互に配列内方に向かってアミノ酸を配置しながら、配置可能なアミノ酸に一致するピークがピークリスト中に存在しない場合にはアミノ酸未定の節点として探索を継続する一方、探索途中で予想スコアが小さい場合には探索を中止しつつ、前記アミノ酸組成情報に適合する有向路を探索するようにしたことを特徴とするアミノ酸配列解析方法。
IPC (1件)：
FI (2件)：
G01N 27/62 V
, G01N 27/62 Y
出願人引用 (5件)
全件表示
審査官引用 (5件)
全件表示
前のページに戻る
