- 2017 - 2019 高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓
- 2013 - 2018 極微量長半減期同位体を用いた革新的な海洋生態系・物質動態トレース技術の創出
- 2015 - 2017 海洋における大規模な有機炭素鉛直輸送過程の新規制御機構の解明
- 2012 - 2014 海洋中深層における大規模炭素循環を支配する微生物食物網ネットワークの機構論的解明
- 2010 - 2011 北太平洋中緯度海域で発見されたウィルス・ホットスポットの形成機構の解明
- 2008 - 2010 温暖化が大型淡水湖の循環と生態系に及ぼす影響評価に関する研究
- 2008 - 2010 海洋中深層における炭素循環を駆動する有機物-微生物相互作用系の動的構造解析
- 2006 - 2007 海洋に分布する第三の微粒子群?-高度光学手法を用いた萌芽的究明
- 2002 - 2007 各種安定同位体比に基づく流域生態系の健全性/持続可能性指標の構築
- 2005 - 2006 海洋における粒子態有機物の大規模な溶存化現象の微生物・地球化学的な支配機構
- 2001 - 2003 水圏における複合有機コロイド系の動態を支配する生物複雑性メカニズムに関する研究
- 2001 - 2002 急激な水循環異変が懸念される東アジア巨大湖の生態・環境動態に関する緊急学術調査
- 2000 - 2001 水圏環境における複合有機コロイド系の生物複雑性に関する日米共同研究
- 1999 - 2000 ける溶存有機炭素の循環を支配する新しいメカニズム
- 1998 - 1999 海洋表層における生態・炭素循環システムの構造転換に関する実証・理論的研究
- 1997 - 1998 海洋表層における溶存有機物-微生物連鎖系の代謝調節機構
- 1996 - 1997 海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ
- 1992 - 1992 微生物食物連鎖による溶存有機物の生成と消費ー海洋フラックスにおける意義ー
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