- 2022 - 2025 脳機能イメージングによるうつ病の腸脳連関の解明
- 2022 - 2025 腸内細菌叢由来代謝物質がもたらす持久力向上分子基盤の解明
- 2019 - 2024 深津共生進化機構プロジェクト
- 2017 - 2022 腸内共生系進化が宿主昆虫に与えるインパクト: 微量メタボローム・ゲノミクスの融合
- 2018 - 2020 腸内微生物生態系が有する代謝アダプテーション機構の解明
- 2017 - 2020 食と腸内細菌と健康に関するアジア横断研究
- 2017 - 2019 腸内細菌叢破綻が起点となる宿主細胞老化機構の解明
- 2016 - 2019 腸肝指向性腸内細菌と肝臓内免疫応答を介した原発性硬化性胆管炎の進展機序の解明
- 2016 - 2019 腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析
- 2015 - 2017 腸内細菌叢がもたらす宿主細胞老化機構の解明
- 2015 - 2017 テングザルの前胃内微生物叢の種内変異と適応的意義
- 2014 - 2016 腸内微生物社会形成過程における初期状態の理解
- 2014 - 2016 体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発
- 2013 - 2016 ビフィズス菌-ヒト共生システムの理解を目指した系統的遺伝子破壊株の作製とその解析
- 2013 - 2015 環境微生物のシングルセルメタボローム解析方法の開発と応用
- 2012 - 2015 腸内共生細菌が有する免疫修飾因子の解析
- 2012 - 2014 腸内微生物社会は如何にして形成されるのか
- 2012 - 2014 次世代マルチオーミクス解析技術に基づく新規機能性食品開発基盤の創成
- 2010 - 2011 粘膜免疫系のシステム構築における上皮細胞とフローラ動態の役割
- 2010 - 2011 複合オミックス解析によるプロバイオティクス因子の同定とその評価
- 2008 - 2009 宿主-微生物間相互作用情報に基づくプロバイオティクス評価系の構築
- 2006 - 2007 宿主-腸内細菌叢間の代謝プロファイリングによる宿主の恒常性の指標化と評価法の構築
- 宿主-微生物間相互作用の解析
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