特許
J-GLOBAL ID：200903047987537134

遺伝子発現解析方法、遺伝子発現解析装置、および遺伝子発現解析プログラム

発明者：
笠間 康次

笠間 康次 について

, 
安部 真澄

安部 真澄 について


出願人/特許権者：
独立行政法人放射線医学総合研究所

独立行政法人放射線医学総合研究所 について


代理人 (2件)： 磯野 道造 ,  多田 悦夫
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2008-032466
公開番号（公開出願番号）：特開2009-193273
出願日： 2008年02月13日
公開日（公表日）： 2009年08月27日
要約：
【課題】参照プロファイルデータ(参照PD)と作成された測定プロファイルデータ(測定PD)の対比と遺伝子の発現状態の解析を容易に行う方法を提供する。【解決手段】DNA断片の塩基数相当値の位置と検出量に基づく塩基数相当値の参照範囲を第一の波形として表わし、その中の所定のピークが由来する転写産物種を同定して記憶した参照PDを取得する参照PD取得工程S1、測定対象物となるDNA断片の塩基数相当値の位置と検出量に基づいて得られる塩基数相当値の測定範囲を第二の波形として表した測定PDを作成する測定PD作成工程S2、第一の波形と第二の波形の少なくとも一方の一部又は全部のピークの位置を補正処理して対応付けるピーク対応付け工程S3、対応付けされたピークの由来に関する情報を転写産物種情報から読み取り、測定PDのピークの遺伝子を特定することで遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析工程S4を含む。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
発現している複数の遺伝子転写産物に由来する複数のピークを一つの波形として表したプロファイルデータを用いて遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析方法であって、 複数の遺伝子転写産物を逆転写したcDNAの一部を増幅して得られるDNAフラグメントの塩基数相当値の位置と、その位置における前記遺伝子転写産物の転写量相当の検出量と、に基づいて得られる塩基数相当値の参照範囲を第一の波形として表わし、かつ前記遺伝子転写産物の転写産物種情報として、前記第一の波形中の所定のピークと、そのピークが由来する転写産物種と、を同定して記憶した参照プロファイルデータを予め取得しておく参照プロファイルデータ取得工程と、 複数の遺伝子転写産物を逆転写したcDNAの一部を増幅して得られる測定対象物となるDNAフラグメントの塩基数相当値の位置と、その位置における前記測定対象物の転写量相当の検出量と、に基づいて得られる塩基数相当値の測定範囲を第二の波形として表した測定プロファイルデータを作成する測定プロファイルデータ作成工程と、 前記第一の波形および前記第二の波形のうちの少なくとも一方の一部または全部の領域を補正しピークの位置を調整する補正処理を行い、前記第二の波形中の着目する領域を含む複数のピークと、前記第一の波形における複数のピークと、を対応付けることで、前記着目する領域を含む複数のピークと、当該複数のピークに相当する第一の波形中の複数のピークと、を対応付けるピーク対応付け工程と、 対応付けされた前記測定プロファイルデータのピークの由来する遺伝子転写産物の情報を前記転写産物種情報から読み取り、対応付けされた前記測定プロファイルデータのピークの由来する遺伝子を特定することで遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析工程と、 を含むことを特徴とする遺伝子発現解析方法。
IPC (1件)：
G06F 19/00
FI (1件)：
G06F19/00 600
引用特許：
出願人引用 (1件)
  • 国際公開第02/048352号パンフレット
審査官引用 (4件)
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引用文献：
審査官引用 (3件)

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