特許
J-GLOBAL ID：200903058634720182
配列抽出装置、配列抽出方法、プログラムおよび記録媒体
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
酒井 宏明
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-168100
公開番号（公開出願番号）：特開2007-334769
出願日： 2006年06月16日
公開日（公表日）： 2007年12月27日
要約：
【課題】入力データの制限を受けずに、コンピュータ解析だけで、特定の場所(位置)に局在する配列を効率よく且つ効果的に抽出することができる配列抽出装置、配列抽出方法、プログラムおよび記録媒体を提供することを課題とする。【解決手段】本発明は、所定長配列情報および複数の比較配列情報を取得し、取得した所定長配列情報および複数の比較配列情報に基づいて、比較配列ごとに、所定長配列が当該比較配列中に出現する位置である出現位置を検索し、検索した出現位置に関する出現位置情報に基づいて、比較配列中の位置ごとに、当該位置で所定長配列が出現する頻度である出現頻度を算出し、算出した出現頻度に関する出現頻度情報および閾値に関する予め設定した閾値情報に基づいて、比較配列中の位置ごとに、出現頻度と閾値との大小関係を比較する。【選択図】 図1
請求項（抜粋）：
塩基またはアミノ酸で構成される配列であって所定の長さを有する所定長配列に関する所定長配列情報、および前記配列であって前記所定長配列の比較対象となる前記所定の長さ以上の長さを有する比較配列に関する複数の比較配列情報を取得する取得手段と、
前記取得手段で取得した前記所定長配列情報および複数の前記比較配列情報に基づいて、前記比較配列ごとに、前記所定長配列が当該比較配列中に出現する位置である出現位置を検索する検索手段と、
前記検索手段で検索した前記出現位置に関する出現位置情報に基づいて、前記比較配列中の前記位置ごとに、当該位置で前記所定長配列が出現する頻度である出現頻度を算出する算出手段と、
前記算出手段で算出した前記出現頻度に関する出現頻度情報および閾値に関する予め設定した閾値情報に基づいて、前記比較配列中の前記位置ごとに、前記出現頻度と前記閾値との大小関係を比較する比較手段と、
を備えたことを特徴とする配列抽出装置。
IPC (1件)：
FI (1件)：
Fターム (9件)：
4B024AA01
, 4B024AA19
, 4B024AA20
, 4B024CA01
, 4B024CA11
, 4B024FA02
, 4B024HA20
, 4B029AA23
, 4B029BB20
