プローブ核酸配列設計方法、プローブ核酸、検出表面、プログラム、情報記憶媒体、並びにプローブ核酸設計システム

発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：渡邊薫
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-127943
公開番号（公開出願番号）：特開2007-295872
出願日： 2006年05月01日
公開日（公表日）： 2007年11月15日
要約：

【課題】プローブ核酸の設計段階において、二本鎖核酸とインターカレーターとの相互作用を考慮することにより、バイオアッセイ時などにおける二本鎖核酸の検出精度、定量性などを向上すること。【解決手段】遺伝子情報として取得した塩基配列から、プローブ核酸に用いる配列を選択するプローブ核酸設計方法であって、2本鎖核酸とインターカレーターとの相互作用に関するプロファイルデータに基づいて、所定の塩基配列を有する配列領域を選択範囲から除外する工程、若しくは前記配列領域の重み付けを行う工程を含むプローブ核酸設計方法を提供する。ここで、プロファイルデータは、インターカレーターの蛍光強度、2本鎖核酸とインターカレーターとの相互作用量などに関する塩基配列ごとのデータである。本発明に基づいてプローブ核酸を設計することにより、バイオアッセイ時などにおける二本鎖核酸の検出精度、定量性などを向上できる。【選択図】図3

請求項（抜粋）：

遺伝子情報として取得した塩基配列から、プローブ核酸に用いる配列を選択するプローブ核酸設計方法であって、 2本鎖核酸とインターカレーターとの相互作用に関するプロファイルデータに基づいて、所定の塩基配列を有する配列領域を選択範囲から除外する工程、若しくは前記配列領域の重み付けを行う工程を含むプローブ核酸設計方法。

IPC (6件)：

C12Q 1/68 , C12N 15/09 , C12M 1/00 , G01N 33/53 , G01N 21/78 , G01N 37/00

FI (7件)：

C12Q1/68 A , C12N15/00 A , C12N15/00 F , C12M1/00 A , G01N33/53 M , G01N21/78 C , G01N37/00 102

Fターム (29件)：

2G054AA06 , 2G054CA22 , 2G054CE02 , 2G054EA03 , 2G054GA04 , 2G054GB02 , 2G054GB04 , 4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024HA14 , 4B029AA07 , 4B029BB20 , 4B029CC03 , 4B029CC08 , 4B029FA15 , 4B063QA01 , 4B063QA18 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR08 , 4B063QR32 , 4B063QR56 , 4B063QR62 , 4B063QR66 , 4B063QR84 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QX02

引用特許：

出願人引用 (2件)

オリゴヌクレオチドプローブ、前記プローブが固定化されているマイクロアレイ及び前記プローブを設計する方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2005-133690 出願人：三星電子株式会社
DNAアレイ向けプローブ配列決定システム
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-111490 出願人：株式会社日立製作所

審査官引用 (5件)

核酸の検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-181573 出願人：東ソー株式会社
オリゴヌクレオチドプローブ、前記プローブが固定化されているマイクロアレイ及び前記プローブを設計する方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2005-133690 出願人：三星電子株式会社
DNAアレイ向けプローブ配列決定システム
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-111490 出願人：株式会社日立製作所

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引用文献：

審査官引用 (1件)

Anal Biochem, (1999), vol.276, p.59-64

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