ウルトラディープ配列決定を用いて配列変異体を決定するための方法

発明者： , , , , , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：山本秀策 , 安村高明 , 森下夏樹
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2008-506657
公開番号（公開出願番号）：特表2008-538496
出願日： 2006年04月12日
公開日（公表日）： 2008年10月30日
要約：

本発明は、ピロリン酸配列決定技法を使用してPCR産物の直接配列決定を可能にする、新しい試料調製方法を提供する。PCR産物はゲノムの特定の領域である場合がある。本開示内容に示される技法は、一個体又は個体集団における個々の対立遺伝子多型のSNP(一塩基多型)検出、分類及び評価を可能にする。これらの結果は、患者の診断及び処置、並びにウイルス及び細菌の集団同定の評価に使用される場合がある。現在の方法と対比して、本発明は、ある程度は高処理能力の非サンガー配列決定技法の速度及び処理能力を有効に使用し、対象となる1つ以上の特定のポリヌクレオチド領域又は遺伝子座における、優れた正確さ、及び対立遺伝子検知の低い閾値を達成する。

請求項（抜粋）：

核酸集団における1つ以上の配列変異体を検出する方法であって、 (a)前記核酸集団に共通するポリヌクレオチドセグメントを、それぞれが前記ポリヌクレオチド断片を含む第一アンプリコン集団を生成する遺伝子座を規定する一対の核酸プライマーを使用して、増幅する工程; (b)前記第一アンプリコン集団の各メンバーをクローン増幅し、第二アンプリコンの複数の集団を生成する工程であって、ここで、第二アンプリコンの各集団は、前記第一アンプリコン集団の1つのメンバーに由来する、工程; (c)前記第二アンプリコンを複数の移動固相担体に、各移動固相担体が前記第二アンプリコンの1つの集団を含むように、固定する工程; (d)各固相担体上で前記第二アンプリコンの核酸配列を決定し、核酸配列の集団を生成する工程;及び (e)前記ポリヌクレオチドセグメントの各位置で各タイプのヌクレオチドの発生を測定し、前記核酸集団における1つ以上の配列変異体を検出する工程を含む、方法。

IPC (3件)：

C12Q 1/68 , C12N 15/09 , G01N 37/00

FI (3件)：

C12Q1/68 A , C12N15/00 A , G01N37/00 102

Fターム (18件)：

4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024BA80 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024HA12 , 4B024HA19 , 4B063QA13 , 4B063QA17 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR08 , 4B063QR32 , 4B063QR55 , 4B063QR62 , 4B063QR82 , 4B063QS25 , 4B063QS32

引用特許：

審査官引用 (3件)

ピロホスフェートの放出の検出に基づくDNA配列決定方法
公報種別：公表公報出願番号：特願平10-528546 出願人：パイロシーケンシング・アーベー
核酸増幅法
公報種別：公表公報出願番号：特願平10-541308 出願人：グラクソグループリミテッド
固相支持体上における核酸の等温増幅
公報種別：公表公報出願番号：特願2002-548173 出願人：アプライド・リサーチ・システムズ・エイアールエス・ホールディング・ナムローゼ・フェンノートシャップ

引用文献：

審査官引用 (4件)

Hum.Mutat.,2002 May,19(5),p.479-85
Eur.J.Immunogenet.,2002 Jun,29(3),p.223-7
Eur.J.Immunogenet.,2002 Jun,29(3),p.223-7

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